В годы войны.
С началом Великой Отечественной войны. Система военного руководства срочно приспосабливалась к новым условиям.
30 июня 1941 г., «ввиду создавшегося чрезвычайного положения и в целях быстрой мобилизации всех сил народов СССР для проведения отпора врагу» образован Государственный Комитет Обороны, наделенный всей полнотой власти, стал высшим государственным органом СССР на период войны. Во многих прифронтовых городах возникли комитеты обороны, объединившие всю гражданскую и военную власть на местах.
Руководство вооруженной борьбой ГКО осуществлял через Ставку Верховного Главнокомандования. Председателем ГКО, наркомом обороны (с 19 июля 1941 г.) и Верховным Главнокомандующим ВС СССР (с 8 августа 1941 г.) был И.В. Сталин.
Основным рабочим органом Ставки по стратегическому планированию и руководству армией и флотом стал Генеральный штаб. Им руководили талантливые военачальники — Г.К. Жуков, А.М. Василевский, А.И. Антонов. Другими рабочими органами Ставки стали наркоматы обороны и Военно-Морского Флота.
Управления наркомата обороны решали задачи организационно - административного характера, занимаясь вопросами развития, строительства и подготовки вооруженных сил, их обеспечения, комплектования, оснащения необходимыми техническими средствами, подготовки к выполнению задач по боевому предназначению. Народный комиссариат ВМФ во главе с адмиралом Н.Г. Кузнецовым осуществлял руководство флотом, подчиняясь Ставке ВГК и координируя работу с Генеральным штабом РККА.
При Ставке ВГК в мае 1942 г. был создан Центральный штаб партизанского движения и местные штабы для организации и управления партизанской борьбой. Для координации действий фронтов создаются главные командования стратегических направлений (Северо-Западного, Западного и Юго-Западного). Для тылового обеспечения создано Управление тыла Красной Армии. Развивалась и совершенствовалась структура управления родами войск, многократно возросла роль и значение штабов в достижении непрерывного управления войсками.
Таким образом, в годы Великой Отечественной войны система военного руководства отличалась сильной централизацией. Высшая военная и гражданская власть были сосредоточены в руках единого органа, сложилась жизнеспособная структура управления вооруженными силами: Главнокомандующий — Ставка — Генеральный штаб — наркоматы обороны и ВМФ. В войсках действовала отлаженная годами система: командир — штаб). Во многом совершенство сложившейся организации, талант военачальников, самоотверженность и героизм командного корпуса способствовали победе советского народа над врагом.