Церковные Соборы и важнейшие мероприятия РПЦ
В период патриаршества Алексия II Поместные Соборы, предусмотренные Уставом Русской православной церкви, не созывались ни разу. Устав, действовавший до 2000 года, принятый на Поместном Соборе 1988 года, определял, что Поместный Собор "созывается Патриархом (Местоблюстителем) и Священным Синодом по мере надобности, но не реже одного раза в пять лет, в составе архиереев, клириков, монашествующих и мирян" (Устав 1988 года, раздел II, пункты 1-2). Периодичность созыва Архиерейского Собора определялась Уставом 1988 года "не реже одного раза в два года", что также не вполне исполнялось в течение 1990-х. Нормы касательно периодичности созыва соборов были также закреплены в Гражданском Уставе Русской православной церкви, одобренном Священным Синодом 31 января 1991 года и зарегистрированном Министерством юстиции РСФСР 30 мая 1991.
Созывались следующие Архиерейские Соборы:
25 октября - 27 октября 1990: РПЦ признала себя не связанной Декларацией митрополита Сергия 1927 года и открытой к диалогу с РПЦЗ.
Украинской православной церкви в составе РПЦ Московского Патриархата были предоставлены "независимость и самостоятельность в ее управлении"; экзархат упразднялся.
31 марта - 5 апреля 1992: канонизация 7 новомучеников и исповедников Российских. Обсуждение вопроса об автокефалии Украинской православной церкви.
1 июня 1992: лишение сана бывшего митрополита Киевского и всея Украины Филарета (Денисенко).
29 ноября - 2 декабря 1994: совершен ряд канонизаций, в частности митрополита Филарета (Дроздова).
Собор постановил, "в связи с появлением новых возможностей для развития издательского дела считать Издательский отдел Московского Патриархата исполнившим свое первоначальное предназначение и благодарить Председателя и коллектив сотрудников за многолетние и полезные труды на благо Святой Церкви. В этой связи считать необходимым вместо Издательского отдела Московского Патриархата создать Издательский Совет Московского Патриархата как коллегиальный орган, состоящий из представителей синодальных учреждений, духовных школ, церковных издательств и иных учреждений Русской православной церкви, в целях координации издательской деятельности, оценки публикуемых рукописей и представления издательских планов на утверждение Священного Синода".
Собор также констатировал "недопустимость для священнослужителей участия в качестве кандидатов в депутаты в выборах любых органов представительной власти, в каких бы то ни было странах, как на общегосударственном, так и на местном уровне. Было также признано крайне нежелательным членство клириков в политических партиях, союзах, блоках и подобных им организациях, особенно в ведущих предвыборную борьбу".
18 февраля - 20 февраля 1997: отлучение от церкви Михаила Денисенко (бывшего митрополита Киевского и всея Украины Филарета) и священника Глеба Якунина.
13 августа - 16 августа 2000: Юбилейный Собор в год 2000-летия Рождества Христова. Деяния Собора: прославление в лике святых новомучеников и исповедников Российских, в том числе Николая II и его семьи. Принятие Основ социальной концепции Русской православной церкви и нового Устава Русской православной церкви.
19 августа 2000 года освящен воссозданный кафедральный храм Христа Спасителя в Москве.
3 октября - 8 октября 2004: канонизирован ряд святых, в том числе Федор Ушаков; принятие послания, направленного против секуляризации общества; принятие принципиальных документов об отношениях со старообрядчеством и с РПЦЗ.
24 июня - 29 июня 2008:Собор в храме Христа Спасителя; участие впервые принимали епископы Русской Зарубежной Церкви (МП). Вход в Зал церковных соборов пикетировался сторонниками и противниками епископа Диомида (Дзюбана). Собор совершил акт канонизации ряда подвижников, в частности, в лике общецерковных святых — святителя Шанхайского и Сан-Францисского Иоанна (Максимовича). Принял Положение о церковном суде, заменившее "Временное положение о церковном судопроизводстве для епархиальных судов и епархиальных советов, выполняющих функции епархиальных судов" (было принято Священным Синодом 1 октября 2004 года); Председателем церковного суда избран митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор (Кириченко).
27 июня Собор принял Определение "О деятельности Преосвященного Диомида, епископа Анадырского и Чукотского", гласившее: "<...> 2. За совершение канонических преступлений <...> епископ Диомид извергается из священного сана. 3. <...> Собор призывает епископа Диомида к немедленному прекращению деятельности, соблазняющей чад Церкви и провоцирующей раскол, и к принесению покаяния за содеянное перед всей Церковной Полнотой в лице Священного Синода на его ближайшем заседании. <...> 5. Решение Освященного Архиерейского Собора об извержении из сана епископа Диомида вступает в силу в случае его отказа выполнить указания, содержащиеся в пункте 3 настоящего определения <...>". На состоявшемся на следующий день заседании Священный Синод постановил уволить епископа Диомида от управления Анадырской епархией с запрещением в священнослужении. 27 июня Собор принял поправки к Уставу РПЦ. В заключительные дни Собора проходили богослужения и мероприятия в ознаменование "1020-летия Крещения Руси", основные торжества в связи с которым состоялись позже, в конце июля в Киеве на государственном уровне, где присутствовал и возглавлял праздничные богослужения Вселенский патриарх Варфоломей I.