У млекопитающих дыхательные пути полностью отделены от пищеварительной системы.

У земноводных в личиночной стадии функционируют жабры. Во взрослом состоянии плавательный пузырь преобразовался в легкие. Впервые появляется гортань. Дыхательная поверхность легких мала, поэтому функцию дыхания выполняет кожа.

У кистеперых рыб в области глотки появляется парный плавательный пузырь, который может выполнять функцию дыхания.

У низших хордовых (ланцетник) число жаберных щелей достигает 100-120.

Органы дыхания хордовых жабры энтодермального происхождения, которые у наземных животных преобразуются в легкие.

Неполное разделение клоаки на прямую кишку и мочеполовые протоки;

Меккелев дивертикул;

Расщелина губы

Онтофилогенетически обусловленные пороки развития

Ж) участие в образовании слуховых косточек среднего уха.

Пороки начального отдела:

- Расщелина верхней губы и верхней челюсти,

- Незаращение твердого неба,

- Наличие дополнительных зубов, трем, диастем, конических зубов, сильно развитых клыков, нарушение прикуса,

- Отсутствие, недоразвитие барабанной полости, слуховых косточек, низкое расположение слуховых проходов,

- Латеральные кисты шеи,

- Эзофаготрахеальные свищи.

Пороки среднего и заднего отделов

Гипоплазия – недоразвитие отделов пищеварительной трубки: укорочение пищевода, тонкого и толстого отделов, недоразвитие печени и поджелудочной железы;

Наличие фрагментов ткани поджелудочной железы в других отделах – гетеротопия.

У высших хордовых число жаберных щелей равно числу жаберных дуг: 6 пар в личиночной стадии, 4 пары у взрослых.

У пресмыкающихся, полностью вышедших на сушу, формируется вся дыхательная система: гортань, трахея, бронхи, легкие. Впервые появилась диафрагма. Легкие мелкоячеистые. Механизм дыхания за счет межреберных мышц.

Бронхи сильно разветвлены до бронхиол, которые переходят в альвеолы – легочные пузырьки. Дыхательная поверхность легких у человека около 90 м².