Правила охраны документов устанавливаются и в порядке законодательства, и по линии отдельных специальных указов.

Сначала только дьяки ведали хранением дел. К концу XVII в. появляются специальные указы о порядке хранения и охраны документов, допускающие к этому ответственному делу и подьячих (кроме "молодых"), но на особых условиях. Указом 1697 г. к хранению документов были допущены, наконец, и "молодые" подьячие.

По сравнению с разработанностью правил хранения и охраны документов дело с их описанием по темпам и регулярности отставало. Даже к концу XVII в. почти в половине всего количества приказов дело упорядочения и описания документов еще не было налажено, и московское правительство вынуждено было в 1680 г. разослать в эти приказы указ, требовавший под угрозой опалы "дела описать и счесть, а описные книги и счетные списки объявить себе, великому государю". Сама же инвентаризация производилась, конечно, и до указа и в некоторых отношениях достигла, по сравнению с описями XVI в., усовершенствования. Глухие заголовки сменяются раскрытием содержания документов, увлекавшим подьячих не только на путь подробного их пересказа, но даже на путь собственной оценки описываемых документов.

Наряду с описями уже зарождаются в некоторых приказных архивах и другие элементы справочно-ориентирующего аппарата, именные указатели к описям и главы" - оглавления материалов. К указателям необходимо отнести "азбуки" и "азбуки по алфавиту". В целях облегчения справочной работы подьячие стремились снабдить описи ориентирующими знаками на полях.

Так как справки приходилось наводить, главным образом, о лицах, то на полях рядом с каждой описательной статьей, в которой упоминалась чья-либо фамилия, ставились инициалы этого лица. Постепенно поля описи исписывались инициалами, идущими друг за другом в беспорядке. Такие описи получили название "азбук". Затем из описи фамилии переписывались в алфавитном порядке инициалов в отдельную книгу, и, таким образом, получался указатель личных имен - "азбука по алфавиту". В указателе при каждой фамилии ставилось указание на номер и год того дела или книги, в которых нужно искать сведения о данной личности. Наиболее распространенными алфавитами были на первых порах самые простые указатели - личных имен. Но потом стали составляться и географические указатели.

Кроме указателей, к средствам справочно-ориентирующего аппарата московских приказных архивов необходимо отнести еще так называемые "главы". "Главы" соответствовали в архивном деле - внутренним описям. Они представляли собою не самостоятельные описи целого архива или какого-либо его отдела, а перечни комплексов документов, соединенных по своей однородности в сборники или в дела. "Главы" отличались от описей своей краткостью, преследуя чисто справочную задачу.

Развивалось в приказных архивах и применение нумерации архивных материалов. Если в XVI в. в описи "царского архива" наблюдается лишь нумерация вместилищ (ящиков, сундуков и др.), то в приказных архивах, хотя и не во всех, практиковалась уже, кроме нумерации вместилищ, нумерация и самых единиц хранения. Номер цифрой проставлялся на заглавном месте сборника, книги, тетради на средине правого края листа и затем повторялся в правом верхнем углу первого листа самого текста. Столбцы снабжались номерами на обертках, которых они хранились, и на обороте первого сстава столбца. Проставленные на делах, сборниках и столбцах номера заносились затем в описи. Кроме всего этого, на единицах хранения уже делались топографические отметки: отмечались вместилища, в которых они хранились, а вместилища снабжались ярлыками с указанием, "какие столпы и дела и книги положены, чтобы скорее и удобнее сыскать".