Негистоновые белки хроматина

CATGTA

Если последовательность нуклеотидов записывается, начиная с 5'-конца, нет необходимости указывать 5' и 3' – концы.

Все основания цепей ДНК расположены внутри двойной спирали, а пентозофосфатный остов - снаружи. Полинуклеотидные цепи удерживаются относительно друг друга за счёт водородных связей между комплементарными пуриновыми и пиримидиновыми азотистыми основаниями А и Т (две связи) и между G и С (три связи) (рис. 7). При таком сочетании каждая

Рис. 7. Образование комплементарных пурин-пиримидиновые пары оснований в двойной цепи ДНК. Пара Ц - Г стабилизируется тремя водородными связям, пара А – Т - двумя водородными связями

пара содержит по три кольца, поэтому общий размер этих пар оснований одинаков по всей длине молекулы. Водородные связи при других сочетаниях оснований в паре возможны, но они значительно слабее. Последовательность нуклеотидов одной цепи полностью комплементарна последовательности нуклеотидов второй цепи. Поэтому, согласно правилу Чаргаффа (Эрвин Чаргафф в 1951 г. установил закономерности в соотношении пуриновых и пиримидиновых оснований в молекуле ДНК), число пуриновых оснований (А + G) равно числу пиримидиновых оснований (Т + С). Спонтанный процесс образования пар оснований называютгибридизацией. Если молекулу ДНК разрезать на короткие двухцепочечные фрагменты длиной от 20 до 100 нуклеотидов, а затем нагреть до 95 С , водородные связи между комплементарными основаниями разрушются и двухцепочечная цепь распадается на две одноцепочечные фрагменты. Этот процесс называют плавлением ДНК ( тепловой денатурацией). Однако, если раствор ДНК охладить, то одноцепочечные фрагменты ДНК начнут снова превращаться в двухцепочечные за счет спаривания по комплементарных участков. Такая техника гибридизации молекул называется отжигом,ренатурацией ей

Комплементарые основания уложены в стопку в сердцевине спирали. Между основаниями двухцепочечной молекулы в стопке возникают Ван-Дер-Ваальсовы (стэкинг) взаимодействия ,стабилизирующие двойную спираль.

Такая структура исключает контакт азотистых остатков с водой, но стопка оснований не может быть абсолютно вертикальной. Пары оснований слегка смещены относительно друг друга, как показано на рисунке . В образованной структуре различают две бороздки - большую, шириной 2,2 нм, и малую, шириной 1,2 нм. Азотистые основания в области большой и малой бороздок взаимодействуют со специфическими белками, участвующими в организации структуры хроматина.

Описанная выше конформация известна как В-форма спирали, в такой форме ДНК обычно находится в клетке. Однако, в зависимости от условий , ДНК может изменять свою форму. При обезвоживании клетки, двойная спираль приобретает более сплющенную форму с большим углом наклона оснований, и приобретает так называемую А-форму. В частности, в А-форма ДНК встречается в спорах растений. Известна еще одна форма ДНК, Z- форма, когда сахарофосфатный остов образует зигзагообразную форму вдоль спирали. В такой форме спираль закручена не вправо как в В- и А- формах, а влево. Биологическое значение А и Z – формпока не известно, предполагается что такие формы представляют приспособительные конфигурации ДНК в различных участках хромосом. Важным свойством двойной спирали является ее способность изгибаться. Молекулы ДНК в миллионы раз длинее, чем размеры ядра и клетки, и соответственно, для упаковки ДНК в них она должна быть гибкой. Следует отметить, что ДНК почти всегда находиться в форме двойной спирали, за исключением одноцепочечных ДНК некоторых бактериальных вирусов.

 

 

Рис.8. Схематическое изображение двойной спирали ДНК. а - по Уотсону и Крику; б - А-форма ДНК; в - В-форма ДНК.

с- остаток дезоксирибозы, р- остаток фосфорной

Третичная структура ДНК (суперспирализация ДНК)

Каждая молекула ДНК упакована в отдельную хромосому. В диплоидных клетках человека содержится 46 хромосом.Общая длина ДНК всех хромосом клетки составляет 1,74 м, но она упакована в ядре, диаметр которого в миллионы раз меньше. Чтобы расположить ДНК в ядре клетки, должна быть сформирована очень компактная структура. Компактизация и суперспирализация ДНК осуществляются с помощью разнообразных белков, взаимодействующих с определёнными последовательностями в структуре ДНК. Все связывающиеся с ДНК эукариотов белки можно разделить на 2 группы: гисгоновые и негистоновые белки.Комплекс белков с ядерной ДНК клеток называют хроматином.

Гистоны- белки с молекулярной массой 11-21 кД, содержащие много остатков аргинина и лизина. Благодаря положительному заряду гистоны образуют ионные связи с отрицательно заряженными фосфатными группами, расположенными на внешней стороне двойной спирали ДНК.

Существует 5 типов гистонов. Четыре гистона Н2А, Н2В, НЗ и Н4 образуют октамерный белковый комплекс (Н2А, Н2В, НЗ, Н4)2, который называют "нуклеосомный кор"(от англ. nucleosome core). Молекула ДНК "накручивается" на поверхность гистонового октамера, совершая 1,75 оборота (около 146 пар нуклеоти-дов). Такой комплекс гистоновых белков с ДНК служит основной структурной единицей хроматина, её называют "нуклеосома".ДНК, связывающую нуклеосомные частицы, называют линкерной ДНК. В среднем линкерная ДНК составляет 60 пар нуклеотидных остатков. Молекулы гистона H1 связываются с ДНК в межнуклеосомных участках (линкерных последовательностях) и защищают эти участки от действия нуклеаз (рис. 8).

В ядре каждой клетки присутствует около 60 млн. молекул каждого типа гистонов, а общая масса гистонов примерно равна массе ДНК.

Рис. 9. Модель структуры нуклеосом. Восемь молекул гистонов (Н2А, Н2В, НЗ, Н4)2 составляют ядро нуклеосомы, вокруг которого ДНК образует примерно 1,75 витка.

Аминокислотные остатки лизина, аргинина и концевые аминогруппы гистонов могут модифицироваться: ацетилироваться, фосфорилироваться, метилироваться или взаимодействовать с белком убиквитином (негистоновый белок). Модификации бывают обратимыми и необратимыми, они изменяют заряд и конформацию гистонов, а это влияет на взаимодействие гистонов между собой и с ДНК. Активность ферментов, ответственных за модификации, регулируется и зависит от стадии клеточного цикла. Модификации делают возможными конформационные перестройки хроматина.

В ядре эукариотической клетки присутствуют сотни самых разнообразных ДНК-связывающих негистоновых белков. Каждый белок комплементарен определённой последовательности нуклео-тидов ДНК (сайт ДНК).К этой группе относят семейство сайт-специфических белков типа "цинковые пальцы" (см. раздел 1). Каждый "цинковый палец" узнаёт определённый сайт, состоящий из 5 нуклеотидных пар. Другое семейство сайт-специфических белков - гомодимеры. Фрагмент такого белка, контактирующий с ДНК, имеет структуру "спираль-поворот-спираль" (см. раздел 1). К группе структурных и регуляторных белков, которые постоянно ассоциированы с хроматином, относят белки высокой подвижности (HMG-белки- от англ, high mobility gel proteins). Они имеют молекулярную массу менее 30 кД и характеризуются высоким содержанием заряженных аминокислот. Благодаря небольшой молекулярной массе HMG-белки обладают высокой подвижностью при электрофорезе в полиакриламидном геле. К негистоновым белкам принадлежат также ферменты репликации, транскрипции и репарации. При участии структурных, регуляторных белков и ферментов, участвующих в синтезе ДНК и РНК, нить нуклео-сом преобразуется в высококонденсированный комплекс белков и ДНК. Образо70S.

Структура рибонуклеиновых кислот (РНК)

Первичная структура РНК -порядок чередования рибонуклеозидмонофосфатов (НМФ) в полинуклеотидной цепи. В РНК, как и в ДНК, нук-леотиды связаны между собой 3',5'-фосфодиэфирными связями. Концы полинуклеотидных цепей РНК неодинаковы. На одном конце находится фосфорилированная ОН-группа 5'-углеродного атома, на другом конце - ОН-группа 3'-углеродного атома рибозы, поэтому концы называют 5'- и 3'-концами цепи РНК. Гидроксильная группа у 2'-углеродного атома рибозы делает молекулу РНК нестабильной. Так, в слабощелочной среде молекулы РНК гидролизуются даже при нормальной температуре, тогда как структура цепи ДНК не изменяется.