Синод при Екатерине I (1725- 1727) и Петре II (1727-1730.).

По смерти императора Петра (1725) наступило время частых перемен на престоле. Нестабильная обстановка тех лет отразилась и на Синоде. Пострадал 1-ый вице президент Синода архиепископ Феодосий (Яновский). Он стал осуждать новые порядки в церковном управлении, за и был лишен сана и заточен в Корельский монастырь, где через 5 месяцев скончался. Вторым членом Синода был назначен Феофилакт (Лопатинский), епископ Тверской. Выпускник Киевской академии, он продолжил свое образование за границей, потом был назначен префектом и ректором Московской Академии, а с 1722 г. архимандритом Чудовского монастыря. Он с пламенной ревностью обличал протестантизм, в этом заключалась причина его столкновения с Феофаном (Прокоповичем).

Императрица Екатерина I, чувствовавшая себя не очень твердо на престоле, считаясь со старым боярством, не любившим архиереев украинцев, назначила третьим членом Синода великоросса Георгия (Дашкова), архиепископа Ростовского. Он был малообразованным, но практичным, сильным связями с боярством. Вслед за ним в Синод был назначен и другой великоросс архимандрит Горицкий Лев (Юрлов), вскоре поставленный епископом Воронежским. Этими назначениями Синод получал такой состав, который должен был вызвать взаимную борьбу. Во главе одной группы стоял Феофан, во главе другой - Георгий.

В 1726 г. после новых назначений Синод был разделен на две части. В одном учреждении заседали архиереи, занятые только духовными делами. В другом, называемом коллегией экономии, работали пять светских лиц, занимавшихся экономическими делами церковных вотчин. Последнее учреждение было независимо от первого. Титул Святейшего был признан неудобным и заменен титулом Духовный Синод. В государственно-административном значении он был понижен, что случилось и с Сенатом. Высшая администрация сосредоточена была в ведении вновь учрежденного Верховного Тайного Совета. Синод же и Сенат являлись только исполнителями его распоряжений.

В ночь на 19 января 1730 г. в Москве умер от оспы 15-летний император Петр II. С ним пресеклась мужская линия Дома Романовых.