Эфедра напоминает представителей рода Казуарина (Casuarina), у которых также имеются чешуевидные листья.

Несмотря на такую разницу во внешнем виде, имеется ряд признаков, по которым гнетовидные объединены в единую группу:

- особенности ветвления собраний стробилов (так называемое дихазиальное ветвление): главная ось этих собраний (которые можно рассматривать как аналоги соцветий) заканчивается стробилом, а супротивно расположенные боковые оси возрастающего порядка развиты одинаково и также заканчиваются верхушечным стробилом;

- наличие покрова вокруг стробилов, похожего на околоцветник;

- наличие сосудов во вторичной древесине;

- признаки того, что в прошлом стробилы гнетовидных были обоеполы (особенно хорошо это выражено у вельвичии);

- общие черты в строении оболочки пыльцевых зёрен;

- двусемядольные зародыши;

- супротивные листья;

- отсутствие смоляных ходов.

Некоторые из этих признаков сближают гнетовидных с другими голосеменными, некоторые — с цветковыми растениями.

В 1863 году была опубликована работа английского ботаника Джозефа Гукера, в которой он подробно описывал растение, привезённое в 1860 году с юга Анголы австрийским ботаником и путешественником словенского происхождения Фридрихом Вельвичем. Хукер делал вывод, что это растение, которое он в честь Вельвича назвал Вельвичией, находится в близком родстве с растениями родов гнетум и эфедра, относящихся к голосеменным.

Сначала эти растения были объединены в единое семейство гнетовых, но более поздние исследования выявили между этими тремя родами достаточно существенные различия, а потому каждый из родов был выделен в отдельное семейство, а затем и в отдельный порядок.

Долгое время предполагали, что гнетовидные — потомки беннеттитовых (группы голосеменных, появившейся в нижнем триасе и полностью вымершей в верхнем мелу) или имеют с ними общих предков: такое предположение основывалось на похожести репродуктивных органов этих двух групп растений. Но современные генетические исследования показали, что это не так. Более того — оказалось, что три рода, объединяемые в отдел гнетовидные, генетически далеки друг от друга, а наблюдаемое между ними сходство является, скорее всего, результатом параллельной эволюции. Неясность происхождения гнетовидных объясняется ещё и тем, что палеоботанические данные по ним практически отсутствуют.

В класс Гнетовые входят три порядка, каждый из которых состоит из одного семейства и одного рода:

Монотипный род Вельвичия (Welwitschia). Растение с очень необычным внешним видом. Одревесневший полый стебель вельвичии, похожий на перевернутый конус, диаметр которого может быть больше метра, почти полностью погружён в песок; сверху от него отходят в противоположном направлении два листа, которые своим основанием растут на протяжении всей жизни растения (лист может достигать 8 м в длину и почти 2 м в ширину). Растение встречается в пустынях Намибии и юга Анголы. Единственный вид: Вельвичия удивительная (Welwitschia mirabilis).