Украина и начало Северной войны.
Левобережье в войнах России с Турцией и Крымом.
Для подготовки нового похода на Крым на запорожском приграничье вдоль р. Самары началось сооружение крепостей, главной из которых должна была стать Новобогородицкая. Руководил всеми работами И.Мазепа. На строительстве работало 20 тыс. украинских казаков.
Весной 1689 г. 112-тысячная российская армия под командованием В.В.Голицына и 40-тысяч украинских казаков во главе с Мазепой вновь выступили в поход. Но, одержав победу в нескольких битвах и простояв какое-то время под стенами Перекопа, они ни с чем повернули назад. Опыт двух неудачных голицынских походов показал, что для завоевания Крыма необходимо закрепиться на побережье Черного моря. С этой целью российская армия вместе с гетманскими полками в начале 1690-х гг. осуществила несколько походов на Нижний Днепр и Очаков.
В свою очередь крымско-татарские войска с 1693 г. оказывали поддержку в походах на Левобережье запорожцам во главе с Петриком (П.Иваненко). И хотя каждый раз гетманские войска вынуждали их отступать, татары неизменно захватывали ясир.
В 1695 г. в осаде российскими войсками Азова принимали участие казаки под командованием наказного гетмана И.Обидовского. Одновременно российско-казацкая армия Б.П.Шереметева и И.Мазепы успешно действовала на Нижнем Днепре: были взяты Кизи-Кермень и Тавань. В 1896 г. во время взятия Азова отличилось 15-тысячное казацкое войско под командованием наказного гетмана Якова Лизогуба.
Россия вышла к Азовскому морю, хотя Керченский пролив оставался в турецких руках. На протяжении еще четырех лет с участием украинских казаков продолжались военные действия на Днепре и возле Очакова. Константинопольский мир с Турцией 1700 г. закрепил Азов за Россией на 30 лет, но граница с Крымским ханством по Днепру оставалась без военных баз: российские и казацкие отряды были эвакуированы из Тавани и Кизи-Керменя.
До войны со Швецией казацкие войска Левобережной Украины использовались царским правительством в боевых действиях только против непосредственных соседей Гетманщины, что соответствовало Коломакским и предыдущим договорным статьям. В 1700 г. по приказу Петра I 12-тысячный казацкий корпус под командованием И.Обидовского двинулся в Прибалтику. Но он успел дойти лишь до Пскова, когда царские войска были разбиты под Нарвой. Казаки вступали со шведами только в отдельные стычки, однако их потери были весьма значительными из-за голода и болезней.
В 1701 г. Мазепа получил приказ царя выйти с войском на помощь Августу II в Беларусь. Кроме того, казацкий корпус под командованием полковника Д.Апостола был отправлен в Прибалтику, где вместе с войском Б.П.Шереметева разбил шведского генерала Г.В.Шлиппенбаха под Эрестфером в Лифляндии. В этом сражении шведы потеряли 3 тыс. человек убитыми, 350 пленными и 6 орудий.
После того, как в 1704 г. польский сейм провозгласил королем познанского воеводу Станислава Лещинского, Петр I в Нарве вновь подтвердил свой союз с Августом II и пообещал ему помощь в подавлении восстания правобережного казачества, возглавляемого фастовским полковником С.Палием. Ситуацией воспользовался И.Мазепа. Он захватил с помощью сердюков Белую Церковь, арестовал С.Палия и фактически утвердил свою власть над правобережными казацкими полками. Оставив на Правобережье 3-тысячный отряд, гетман отправил на помощь Августу II 17-тысячный казацкий корпус под командованием полковников Д.Апостола и И.Мировича. Часть казаков этого корпуса приняла участие во взятии Варшавы, в которой укрепились сторонники С.Лещинского.
В 1705 г. Петр I приказал превратить два казацких полка, которые в то время находились в Пруссии, в регулярные драгунские полки. И хотя это диктовалось военными соображениями, нарушение казацких прав усиливало антироссийские настроения, подогреваемые старшиной. Летом того же года 40-тысячное войско во главе с Мазепой прошло Правобережную Украину, разрушая на своем пути имения магнатов - сторонников шведского короля, заняло Львов и Галич, а затем отошло на Волынь и Киевщину.
Весной 1706 г. Мазепа с 14-тысячным войском прибыл на помощь отступавшим из-под Гродно российским войскам. Казацкие войска составили гарнизоны Минска, Слуцка, Несвижа, Ляхович. Здесь они потерпели ряд поражений. В Несвиже шведы захватили казаков спящими и почти всех перебили. Среди погибших был стародубский полковник М.А.Миклашевский. Во время осады шведами Ляхович погибла большая часть гарнизона, а остальные казаки вместе с переяславским полковником И.Мировичем попали в плен.