| Простейшие с организацией жгутиконосцев(Mastigophora) | 
 
  |  | ТИП МНОГОЖГУТИКОВЫЕ (Polymastigota) | 
 
  |  |  | Класс РЕТОРТОМОНАДОВЫЕ (Retortamonada) | 
 
  |  |  | Класс ДИПЛОМОНАДОВЫЕ (Diplomonada) | 
 
  |  |  | Класс ОКСИМОНАДОВЫЕ (Oxymonada) | 
 
  |  |  | Класс ПАРАБАЗАЛИЕВЫЕ (Parabasalea) | 
 
  |  | ТИП ЭВГЛЕНОЗОИ (Euglenozoa) | 
 
  |  |  | Класс ЭВГЛЕНОВЫЕ (Euglenida) | 
 
  |  |  | Класс КИНЕТОПЛАСТОВЫЕ (Kinetoplastida) | 
 
  |  | ТИП КРИПТОМОНАДЫ (Cryptomonada) | 
 
  |  | ТИП ЗОЛОТИСТЫЕ ЖГУТИКОНОСЦЫ (Chrysomonada) | 
 
  |  | ТИП ОПАЛИНОВЫЕ (Opalinomonada) | 
 
  |  |  | Класс ПРОТЕРОМОНАДЫ (Proteromonada) | 
 
  |  |  | Класс ОПАЛИНЫ (Opalinata) | 
 
  |  | ТИП САПРОЛЕГНИЕВЫЕ (Saprolegnioidea) | 
 
  |  |  | Класс ООМИЦЕТЫ (Oomycetes) | 
 
  |  |  | Класс ГИФОХИТРИДИОМИЦЕТЫ (Hyphochytridiomycetes) | 
 
  |  | ТИП ЛАБИРИНТУЛЕВЫЕ (Labyrinthulea) | 
 
  |  | ТИП ПАНЦИРНЫЕ ЖГУТИКОНОСЦЫ (Dinomonada) | 
 
  |  | ТИП ЗЕЛЕНЫЕ ЖГУТИКОНОСЦЫ (Chloromonada) | 
 
  |  | ТИП ВОРОТНИЧКОВЫЕ (Choanomonada) | 
 
  |  | ТИП ХИТРИДИЕВЫЕ (Chytridiomycota) | 
 
  | Простейшие с организацией корненожек (Rhizopoda) | 
 
  |  | ТИП ЛОБОЗНЫЕ (Lobosea) | 
 
  |  |  | Класс ГОЛЫЕ ЛОБОЗНЫЕ АМЕБЫ (Gymnamoeba) | 
 
  |  |  | Класс РАКОВИННЫЕ ЛОБОЗНЫЕ АМЕБЫ (Testacealobosea) | 
 
  |  | ТИП ГЕТЕРОЛОБОЗНЫЕ (Heterolobosae) | 
 
  |  |  | Класс ШИЗОПИРЕНИДЫ (Schizopyrenida) | 
 
  |  |  | Класс АКРАЗИЕВЫЕ (Acrasea) | 
 
  |  | ТИП АРХАМЕБЫ (Archamoeba) | 
 
  |  | ТИП МИЦЕТОЗОА (Mycetozoa) | 
 
  |  |  | Класс БЕЗРАКОВИННЫЕ ФИЛОЗНЫЕ АМЕБЫ (Aconchulofilosea) | 
 
  |  |  | Класс ПРОТОСТЕЛИЕВЫЕ (Protostelea) | 
 
  |  |  | Класс ДИКТИОСТЕЛИЕВЫЕ (Dictyostelea) | 
 
  |  |  | Класс НАСТОЯЩИЕ МИКСОМИЦЕТЫ (Eumycetozoa) | 
 
  |  | ТИП ЦЕРКОЗОА (Cercozoa) | 
 
  |  |  | Класс ЦЕРКОМОНАДЫ (Cercomonada) | 
 
  |  |  | Класс РАКОВИННЫЕ ФИЛОЗНЫЕ АМЕБЫ (Testaceafilosea) | 
 
  |  |  | Класс РЕТИКУЛОФИЛОЗНЫЕ (Reticulofilosea) | 
 
  |  | ТИП ФОРАМИНИФЕРЫ (Foraminifera) | 
 
  |  |  | Класс АСТРОРИЗОВЫЕ (Astrorhizata) | 
 
  |  |  | Класс СПИРИЛЛИНЕВЫЕ (Spirullinata) | 
 
  |  |  | Класс МИЛИОЛИЕВЫЕ (Miliolata) | 
 
  |  |  | Класс НОДОЗАРИЕВЫЕ (Nodosariata) | 
 
  |  |  | Класс РОТАЛИЕВЫЕ (Rotaliata) | 
 
  |  |  | Класс ГЛОБИГЕРИНОВЫЕ (Globigerinata) | 
 
  |  | ТИП КСЕНОФИОФОРЕИ (Xenophyophorea) | 
 
  | Лучистые простейшие (Actinopoda) | 
 
  |  | ТИП ЛУЧЕВИКИ (Radiolaria) | 
 
  |  |  | Класс ПОЛИЦИСТИНЕЕВЫЕ (Polycystinea) | 
 
  |  |  | Класс ФЕОДАРИЕВЫЕ (Phaeodaria) | 
 
  |  | ТИП АКАНТАРИИ (Acantharea) | 
 
  |  | ТИП ТАКСОПОДЫ (Taxopoda) | 
 
  |  | ТИП СОЛНЕЧНИКИ (Heliozoa) | 
 
  |  |  | Класс АКТИНОФРИИДЫ (Actinophryida) | 
 
  |  |  | Класс ДЕСМОТОРАЦИДЫ (Desmothoracida) | 
 
  |  |  | Класс ЦИЛИОФРИИДЫ (Ciliophryida) | 
 
  |  |  | Класс ЦЕНТРОХЕЛИДЫ (Centrochelida) | 
 
  | Альвеолятные простейшие (Alveolata) | 
 
  |  | ТИП АПИКОМПЛЕКСОВЫЕ (Apicomplexa) | 
 
  |  | ПОДТИП ПЕРКИНСООБРАЗНЫЕ (Perkinsemorpha) | 
 
  |  |  | Класс КОЛПОДЕЛЛИДЫ (Colpodellida) | 
 
  |  |  | Класс ПЕРКИНСОВЫЕ (Perkinsida) | 
 
  |  | ПОДТИП СПОРОВИКИ (Sporozoa) | 
 
  |  |  | Класс ГРЕГАРИНЫ (Gregarinina) | 
 
  |  |  | Класс КОКЦИДИЕОБРАЗНЫЕ (Coccidiomorpha) | 
 
  |  |  |  | Отряд Eimeriida | 
 
  |  |  |  | Отряд Haemosporidia | 
 
  |  |  |  | Отряд Piroplasmida | 
 
  |  | ТИП РЕСНИЧНЫЕ ИЛИ ИНФУЗОРИИ (Ciliophora) | 
 
  |  |  | Класс КАРИОРЕЛИКТОВЫЕ (Karyorelicta) | 
 
  |  |  | Класс РАЗНОРЕСНИЧНЫЕ (Heterotricha) | 
 
  |  |  | Класс СПИРАЛЬНОРЕСНИЧНЫЕ (Spirotricha) | 
 
  |  |  | Класс ЛИТОСТОМАТОВЫЕ (Lithostomata) | 
 
  |  |  | Класс ХОНОТРИХА (Chonotricha) | 
 
  |  |  | Класс СОСУЩИЕ (Suctoria) | 
 
  |  |  | Класс КОЛПОДОВЫЕ (Colpodida) | 
 
  |  |  | Класс ПРОСТОМОВЫЕ (Prostomata) | 
 
  |  |  | Класс ОЛИГОГИМЕНОФОРОВЫЕ (Oligogymenophorea) | 
 
  |  |  | Класс БЕЗРОТЫЕ (Astomata) | 
 
  | Отдельные группы простейших | 
 
  |  | ТИП МИКРОСПОРИДИИ (Microsporidia) | 
 
  |  | ТИП МИКСОСПОРИДИИ (Myxozoa |