Борьба русского народа против татаро-монгольского ига (1240-1480) объединила русские земли вокруг Москвы, историческая роль которой особенно возросла во времена княжения Ивана Калиты (1325-1389) и Дмитрия Донского. Своё прозвище (Донской) Дмитрий получил после победы русских полков над войском хана Мамая на Куликовом поле (1380) у реки Дон. Куликовская битва, явившаяся первым крупным поражением Золотой Орды, создала реальные предпосылки для объединения русских земель в централизованное Московское государство. Его создание было завершено при Иване III (1462-1505) после победы московских войск на реке Угре, «стояния на Угре» (1480),определившей окончательное свержение на Руси монголо-татарского ига.  Московское великое княжество стало крупным многонациональным государством Европы. К концу XVI в. территория княжества увеличилась почти вдвое. В стране было 220 городов. Численность населения достигла 7 млн. человек.

Вплоть до конца XVII столетия народная медицина занимала на Руси ведущее положение. Опыт русской народной медицины отражен в многочисленных исторических и историко-бытовых повестях. Среди них – записанная в XV в. «Повесть о Петре и Февронии Муромских», в которой рассказывается о чудесном исцелении князя Петра Муромского. Зарубив мечом змея-зверя, он обрызгался его кровью и заболел тяжелой кожной болезнью. Простая крестьянская девушка Феврония излечила князя (по всей вероятности, при помощи мёда). Выздоровевший князь женился на мудрой Февронии и вернулся в Муром. Прообразами героев были реально существовавшие князь Давид и его жена Ефросиния, княжившие в Муроме в XIII в. 

К XVI в. относится появление первых рукописных лечебников. Вопросам медицины уделялось внимание в «Домострое» - наставлении  по ведению хозяйства в богатом боярском доме, в котором кроме наставлений кулинарного, педагогического, религиозного характера, содержались указания по лечению болезней и бытовой гигиене: о хранении в чистоте пищи, тщательном мытье посуды, смене белья, вытирания ног при входе и т.п. В постановлениях «Стоглавого собора» (1551) содержались указания о призрении больных и увечных, об их лечении.  В лечебниках этого периода значительное место отводилось хирургии (резанию). Среди резальников были костоправы, кровопуски, зубоволоки. На Руси проводились операции черепосверления, чревосечения, ампутации. Усыпляли больного при помощи вина, мандрагоры и мака. Инструменты (пилки, ножницы, долота, топоры, щупы) проводили через огонь. Раны обрабатывали берёзовой водой, вином и золой, а зашивали волокнами льна, конопли или тонкими кишками животных. Для извлечения металлических осколков, стрел применяли магнитный железняк. Славились на Руси и оригинальные конструкции протезов для нижних конечностей.

Имели хождение также «Травники» («Зельники») – сборники, содержавшие описание лекарственных растений. В некоторых рукописях соединяются в разных сочетаниях элементы травника и лечебника вместе. Во многих случаях лечебники и травники содержали сведения эмпирического характера. Сначала шло описание растения, а затем советы по его применению: «Трава мачиха, растёт лопушниками, одна сторона бела, а листочки что копытца, а корень по земле тянется. Цвет жёлт, а у иной цвету нет. Корень вельми добр. Ещё у кого утроба болит, корень парь да хлебай – поможет».  

Развитие торговли с соседними странами значительно расширило познания русских людей об иноземных лекарственных средствах. На Руси многократно переписывалась, переведённая в XIII в. с греческого «Христианская топография»  Косьмы Индикоплова, византийского купца, который в VI в.  посетил Индию, о. Цейлон и Эфиопию. Вообще индийские лекарственные средства были издавна известны. О них сообщается в древнерусских травниках, повести «Александрия» (о походе Александра Македонского в Индию), в путевых заметках (1466-1472) тверского купца Афанасия Никитина «Хожение за три моря», а также в «Вертограде», переведённом с немецкого в 1534 г. Николаем Булевым. Заморская торговля имела оборотную сторону. Торговые ворота страны, а таковыми являлись Новгород и Псков, открывали дороги повальным эпидемиям. Европейские историки и церковные записи сообщают об огромной смертности, вплоть до вымирания целых городов и областей, особенно в XIV веке. Сходное явление мы встречаем и на Руси. Мысль о «прилипчивости» заразы привела к введению предохранительных мер. Сначала это выразилось в изоляции больных и оцеплении неблагополучных мест. Погребения проводились вдали от церквей, т.е. от населенных мест (церкви обычно располагались в центре жилых кварталов). Умерших хоронили «в тех же дворах, в которых кто умер, во всём платье и на чём кто умер». Людей также предостерегали от пользования вещами умерших: «…ещё бо что у кого возьмёт, в той же час неисцельно умираху».  Общение с зачумлёнными домами прекращалось. Описано устройство лесных засек с заставами вокруг «заморных мест». При сильном «море» во Пскове в 1521 г. Было проведено «запирание улиц» – изоляция пораженных частей города. «…Без мала вси не изомроша, и первее начаша мерети на Петровской улице… И князь Михайла Кислица велел… улицу Петровскую заперети с обою концов». Все вещи, считавшиеся заражёнными, окуривали или сжигали (например, одежду, особенно меха), а металлические предметы (деньги и др.) промывали в уксусе. Бумажные донесения чаще всего повторно переписывали и отправляли дальше в копиях, а подлинники и первые копии сжигали. Священникам под страхам смертной казни запрещалось отпевать умерших. Лечцов к заразным не допускали. Если же кто-либо из них посещал «прилипчивого» больного, он был обязан известить об этом самого государя и сидеть дома «впредь до царского разрешения». Следует отметить гуманность применявшихся на Руси мероприятий при изоляции заболевших. Так, изолированных людей нередко кормили «улицей», т.е. вскладчину. При «испытании» в течение 2-8 недель лиц, бывших в общении со «знаменными», не обрекали на смерть в «заморных домах» (что встречалось в других странах), а выводили «в иные дворы» и там кормили. «… И поставили заставы по улицам и сторожей…, в которой улице человек умрёт знаменем, и те дворы запирали и кормили тех улицей…» Вышеизложенные меры диктовались в основном не заботой о жизни и здоровье большинства людей, а осуществлялись лишь постольку, поскольку эти заболевания могли представлять опасность для правящих слоёв, а также, поскольку эти болезни, охватив войско, угрожали его боеспособности.

Государственного органа, руководившего медицинским делом, в Московской Руси не было. В некоторой степени отсутствие такого органа восполнялось аптекарским приказом. Аптекарский приказ был основан около 1620 г.  В первые годы своего существования располагался на территории Московского Кремля в каменном здании напротив Чудова монастыря. Сначала это было придворное лечебное учреждение, попытки создания которого восходят ко временам Ивана Грозного (1547-1584),когда в 1581 г. при царском дворе была учреждена первая на Руси Государева аптека. Длительное время (примерно век) была единственной аптекой в Московском государстве. Аптекарский приказ первоначально обеспечивал лечебной помощью царя, его семьи и приближенных. Являясь придворным учреждением, «царева аптека» лишь в порядке исключения обслуживала служилых людей. При наличии в стране лишь одной аптеки население покупало лекарства в зелейных и москательных  мастерских, где велась свободная торговля «зельем». Это вело к злоупотреблению ядовитыми и сильнодействующими веществами. В связи с этим в 1672 г. была открыта вторая в стране «…аптека для продажу всяких лекарств всяких чинов людям».  Новая аптека располагалась на Новом гостином дворе на Ильинке. Аптекарский приказ не только управлял аптеками. Уже к середине XVII в. он из придворного заведения вырос в крупное общегосударственное  учреждение, функции которого значительно расширились. Штат Аптекарского приказа увеличивался. Так, если в 1631 г. в нём служили два доктора, пять лекарей, один аптекарь, один окулист, два толмача и один подьячий, то 1681 г. в нём служили 80 человек: 6 докторов, 4 аптекаря, 3 алхимиста, 10 лекарей-иноземцев, 21 русский лекарь, 38 учеников лекарского и костоправного дела. У стен Московского Кремля стали создаваться аптекарские огороды (впоследствии Александровский сад). Была организованна специальная «ягодная повинность» по сбору и доставке лекарственных растений и минералов.

Первая в России Лекарская школа была открыта в 1654г. при Аптекарском приказе на средства государственной казны. Принимали в неё детей стрельцов, духовенства и служилых людей. Ученики изучали анатомию, фармацию, латинский язык, диагностику и лечение болезней. Учебниками были народные травники и лечебники, а также «докторские сказки» (истории болезней). Анатомия преподавалась наглядно: по костным препаратам и анатомическим рисункам, учебных пособий ещё не было. Преподавание велось у постели больного – в России не было той схоластики, которая господствовала в то время в Западной Европе. Аптекарский приказ предъявлял к ученикам Лекарской школы высокие требования. Принятые на учёбу обещали: «…никому зла не учинить и не пить и не бражничать и никаким воровством не воровать…» Обучение длилось 5-7 лет. В разные годы количество учеников колебалось от 10 до 40. Первый выпуск Лекарской школы состоялся досрочно в 1658г. Функционировала школа нерегулярно. За 50 лет она подготовила около 100 русских лекарей. Стоит также отметить создание в 1652 г. боярином Фёдором Михайловичем Ртищевым двух гражданских больниц-богаделен.