Метаболизм бактериальной клетки

БЕЛОРУССКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ

Биологический факультет

Метаболизм бактериальной клетки.

                                                                 

                                                                      Реферат

студента 3 курса 6 группы

                                                       Ковальчука К.В.

Минск 2003г.

ОГЛАВЛЕНИЕ

Введение  ……………………………………………………………………………….3                                                                                                                           

Катаболизм углеводов …………………………………………………………………3                                                                                         

Цикл трикарбоновых кислот …………………………………………………………..5

                                                                  

Дыхательная цепь и  окислительное фосфорилирование…………………………….5                                                                                                 

Вспомогательные циклы и глюконеогенез………………….…………………………7                                                                                                    

Брожение…………………………………………………………………………………8                                                                                                                       

Использование неорганических доноров водорода………..………………………….9 

Фиксация СО2……………………………………………………………………………………………………..10    

Фотосинтез……………………………………………………………………………….11

Разложение природных веществ………………………………………………………..12

Биосинтетические процессы…………………………………………………………….12

Литература………………………………………………………………………………..13

                                                                                                                

Введение.

Метаболизм  представляет собой совокупность всех химических реакций, проходящих в клетке. В процессе метаболизма происходит превращение одних веществ в другие (обмен веществ) и, соответственно, превращение энергии запасённой в этих веществах. Для поддержания жизнедеятельности клетка нуждается в энергии и в определённых веществах. Источником энергии для клетки чаще всего служит расщепление органических соединений. Совокупность реакций расщепления высокомолекулярных соединений, сопровождающихся выделением энергии, называется энергетическим метаболизмом (катаболизмом). В процессе катаболизма происходит не только запасание энергии в доступной для клетки форме, но также и образуются  низкомолекулярные вещества, которые являются субстратом для синтеза различных компонентов и соединений, необходимых для функционирования клетки (организма). Совокупность таких  биосинтетических процессов составляет анаболизм. Связующим звеном между катаболизмом и анаболизмом является ряд реакций промежуточного обмена, или амфиболизма.

Катаболизм углеводов.

В зависимости от механизма преобразования энергии в доступную для клетки биохимическую форму различают два главных типа метаболизма – фототрофный и хемотрофный. Организмы, способные использовать в качестве источника энергии для роста свет, называют фототрофными (фотосинтезирующими). В отличие от них хемотрофными (хемосинтезирующими) называют организмы, получающие энергию в результате окислительно-восстановительных реакций с участием субстратов, которые служат для них источником питания (питательные вещества). Для большинства микроорганизмов основными питательными веществами служат.

Можно выделить четыре важнейших этапа катаболизма глюкозы:

1 - начальное расщепление до с3-соединений

2 - окисление пирувата

3 - цикл трикарбоновых кислот

4 - дыхательная цепь

 Начальное расщепление до с3-соединений

Много путей ведет от глюкозы к Сз-соединениям и среди них к пировиноградной кислоте—одному из важнейших промежуточных продуктов обмена веществ. Чаще других используется путь распада  через образование фруктозо-1,6-дифосфата (гликолиз). Другой ряд реакции, к осуществлению которых способно большинство организмов образует цикл, известный под названи­ем окислительный пентозофосфатный путь. Обратная последовательность реакций включает основные этапы, ведущие к регенерации, акцептора СО2 при автотрофной фиксации СО2. Только у бактерий встречается, видимо, путь Энтнера—Дудорова (или КДФГ-путь по характерному промежуточному продукту). Другие сходные механизмы распада гексоз имеют более специальное значение. Глюкоза в клетке сначала фосфорилируется в положении 6 с участием фермента гексокиназы и АТФ в качестве донора фосфата. Глюкозо-6-фосфат представляет собой метаболически активную форму глюкозы в клетке и служит исходным пунктом для любого из трёх упомянутых путей распада.

В процессе гликолиза (рис.1.)происходит расщепление глюкозы до пирувата; при этом сначала потребляется энергия 2 молекул АТР, а затем образуются 4 молекул АТР путём переноса фосфатной группы с субстрата на ADP (субстратное фосфорилирование), а также восстановление 2 молекул  NAD до NADH2. Пируват служит исходным пунктом дальнейших процессов расщепления, преобразования и синтеза.

Обе реакции, протекающие с выделением энергии при превра­щении триозофосфата в пировиноградную кислоту, являются для анаэробных организмов важнейшими  этапами, доставляющими энергию. В анаэробных условиях все микроорганизмы, сбраживающие углеводы (за немногими исключениями), используют энергию, получаемую в результате окисления глицеральдегидфосфата в пируват.

Пентозофосфатный путь включает несколько циклов. В результате функционирования которых из трёх молекул глюкозо-6-фосфата образуются  три молекулы СО2 и три молекулы пентоз (рибулозо-5-фосфат и др.). Последние используются для регенерации двух молекул

Глюкоза

Глюкозо-6 -Р

Фруктозо-6-Р

Фруктозо-1,6-диР

Дигидроксиацетон-Р

Глицеральдегид-3-Р

1,3-дифосфоглицерат

Глицерол-3-Р

3-фосфоглицерат

2-фосфоглицерат

фосфоенолпируват

Пируват

                                            

                                                     АТР                     ADP+ Pi

                КДФГ-путь                                                                                                  Пентозофосфатный

                                                                                                          путь

                                                   ATP                            ADP+ Pi

                                                                                  NAD                  NADH2

                NADH2                     NAD                            Pi

                                                                                     ADP+P                         ATP

                              Глицерол + Pi

                                                                               H2O

Рис.1 Фруктозо-1,6-дифосфатаный путь  расщепления глюкозы (гликолиз).

                                      ADP+ Pi              ATP           

глюкозо-6-фосфата и одной молекулы глицеральдегид-3-фосфата. Поскольку из двух молекул глицеральдегид-3-фосфата можно регенерировать молекулу глюкозо-6-фосфата, глюкоза может быть полностью окислена при превращении по пентозофосфатному пути:

3 глюкозо-6-фосфат + 6 NADPà3CO2 + 2 глюкозо-6-фосфат + глицеральдегид-3-фосфат +        6 NADPH + 6 H+

  Данный цикл не приводит к синтезу АТР, он представляет собой явно дополнительный путь. Его значение следует видеть в подготовке важных исходных веществ (пентозофосфатов, эритрозофосфата, глицеральдегид-3-фосфата), а также   восстановительных эквивалентов (NADH2) для процессов синтеза. В частности, он обеспечивает рибозой синтез нуклеотидов и нуклеиновых кислот.

КДФГ-путь (путь Энтнера — Дудорова) начинается с дегидрирования глюкозо-6-фосфата до 6-фосфоглюконата, от него отщепляется вода и образуется 2-кето-З-дезокси-6-фосфоглюконат (КДФГ). КДФГ расщепляется на пировиноградную кислоту и 3-фосфоглицериновый альдегид. Последний окисляется до пирувата, также как и в гликолизе. На каждый моль глюкозы, окисляемой до пирувата, в КДФГ-пути образуется 2 моля АТР, 1 моль NADH2 и 1 моль NADPH2.

Окисление пирувата.

Пируват занимает центральное положение в промежуточном метаболизме и может служить предшественником разнообразных продуктов. Многие организмы окисляют большую часть образующегося в ходе метаболизма пирувата до ацетилкофермента А.  Окисление может осуществляться с помощью одной из следующих реакций:

Пируват + СоА + NAD à Ацетил-СоА + NADH2 + CO2

Пируват + СоА + 2Fd à Ацетил-СоА + 2FdH + CO2     (Fd – ферредоксин)

Пируват + СоА à Ацетил-СоА + формиат

Цикл трикарбоновых кислот.

Цикл трикарбоновых кислот слу­жит для окисления ацетил-СоА до С02 с отщеплением водорода.

                                             Н2О                                                    При участии дегидрогеназ  водород

                           Ацетил-СоА     СоА                                       переносится на NAD(P) и FAD. Восс-              

                                                                                                         тановленные коферменты затем           

            оксалоацетат                               цитрат                      передают водород (электроны) в

                                                                                                  дыхательную цепь. В конечном

                     NAD                                                                     H2O               счёте окисление ацетата в цикле

                            NADH2                                                                                       даёт 2 молекулы СО2; 8 протонов и

малат                                                                   цис-аконитат       1 молекулу АТР. Цикл Кребса не

                                                                                                  только выполняет функцию конеч-

         Н2О                                                                                                                       Н2О     ного окисления органических

фумарат                                                                                    веществ, но и обеспечивает про-

                                                глиоксилат                                 цессы биосинтеза различными

                            FAD                                                                                                   предшественниками. Сам цикл

                      FADH2                 сукцинат                                                          также обеспечивается С4-дикарбо-

сукцинат                                                         изоцитрат         новыми кислотами, образующимися

                                                                                                                                                      при карбоксилировании пирувата и

                          АТР                                                                                                                                NADP         фосфоенолпирувата.

               CоА                                                                                                                            

                                                                                                                                     NADPH2

     ADP              сукцинил-СоА                                        оксалосукцинат

                                      NAD

                                          NADH2                   

                    СО2                                               CO2

                        CоА             оксоглуторат

Рис.2. Цикл трикарбоновых кислот. Прерывистыми линиями показан глиоксилатный цикл.

Дыхательная цепь и  окислительное фосфорилирование.

В то время как большинство анаэробных организмов способно синтезировать АТР только путём субстратного фосфорилирования, аэробы могут осуществлять более эффективную регенерацию АТР. Они обладают особым аппаратом: дыхательной (электрон-транспортной) цепью и АТР-синтетазой. Обе системы находятся в плазматической мембране. Ведущие своё происхождение от субстратов восстановительные эквиваленты (Н и электроны) поступают в дыхательную цепь  и транспортируются к терминальному акцептору электронов таким образом, что между внутренней и внешней мембранами создаётся электрохимический градиент с положительным потенциалом снаружи и отрицательным внутри. Этот перепад заряда возникает благодаря определённому расположению компонентов дыхательной цепи в мембране. Некоторые из этих компонентов переносят электроны. Другие переносят протоны (Н+). Взаиморасположение переносчиков в мембране таково, что при транспорте электронов от субстрата к О2 протоны связываются на внутренней стороне мембраны, а освобождаются на внешней. Электрохимический градиент служит движущей силой для процесса регенерации АТР (и других процессов, требующих затраты энергии). обратный переход протонов с наружной стороны мембраны на внутреннюю сопряжён с синтезом АТР АТР-синтетазой. Синтез АТР за счёт энергии транспорта электронов через мембрану называют окислительным фосфорилированием.

Компонентами  дыхательной цепи являются:

1.      FMN) и флавинадениндинуклеотид (FAD).

2.      Fe-S-центры)

3.     

4.     

Компоненты  дыхательной цепи переходят попеременно из окисленного состояния в восстановленное и обратно, т.е. ведут себя как типичные окислительно-восстановительные катализаторы. Хиноны осуществляют сбор водорода, поставляемого различными коферментами и простетическими группами дыхательной цепи. На хиноны переносятся  электроны с NADH2 и с FADH2 соответствующими дегидрогеназами.  Восстановленные хиноны вновь окисляются системой цитохромов. Цитохромы передают электроны кислороду или другому конечному акцептору электронов. Непосредственно с кислородом реагирует терминальная оксидаза -- цитохромоксидаза (цитохром аа3) или цитохром о. На кислород переносятся четыре электрона и каждый из образующихся анионов кислорода реагирует с двумя протонами с образованием воды.                        Согласно гипотезе Митчелла, дыхательная цепь состоит из чередующихся переносчиков водорода и переносчиков электронов. Расположенных в мембране таким образом, что окисление субстрата приводит к потреблению протонов на внутренней стороне мембраны и освобождению их на наружной стороне. Если цепь образует три петли, то при окислении NADH2 наружу выводится шесть протонов (при окислении FADH2 – четыре) и затем за счёт  электрохимического потенциала с помощью АТР-синтетазы синтезируется 3 молекулы АТР из ADP и Pi (при окислении FADH2 – 2 АТР). АТР-синтетаза может работать в обратном направлении, используя АТР для создания протонного потенциала(  и АТР могут взаимно превращаться друг в друга. В некоторых случаях дыхание даёт не протонный, а натриевый потенциал ( либо

 При аэробном дыхании конечным акцептором электронов служит кислород . Однако он может оказывать токсическое действие не только на анаэробов, но и на аэробов. Поэтому у большинства организмов имеются ферменты способные защищать клетку от токсичных продуктов, образующихся из кислорода: супероксиддисмутаза  превращает супероксид-радикалы в пероксид водорода, а каталаза и пероксидаза способны восстанавливать пероксид водорода до воды.

Кроме кислорода в качестве конечного акцептора электронов (и водорода) при дыхании могут служить другие соединения. Способность переносить электроны на эти соединения даёт бактериям возможность окислять субстраты без участия молекулярного кислорода и при этом извлекать больше энергии, чем при брожении (рис.3). Такого рода бактерии обладают системой переноса (транспорта) электронов и, как правило, содержат цитохромы. Поскольку транспорт электронов и сопряжённое с ним фосфорилирование осуществляются в анаэробных условиях, то данный процесс носит название анаэробного дыхания, в отличие от аэробного, проходящего в аэробных условиях и с участием кислорода в качестве конечного акцептора электронов.  

                          Доноры водорода

Аэробные условия                         Аэробное дыхание

2)                      Н2О

                                                                 О2

Анаэробные условия                 Анаэробное дыхание

(в отсутствие О2)                     

                                                           « Нитратное дыхание»

                                                  

                                                                             «Сульфатное дыхание»

                                                  

                                                                               «Серное дыхание»

                                                   S

                                                   СН3СOOH              «Карбонатное дыхание» (ацетогенные

                                                   CO2, НС                                                       бактерии)

                                                                            «Карбонатное дыхание» (метанобразующие

                                                   CO2, НС                                                      бактерии)

                                                   сукцинат                 «Фумаратное дыхание»

                                                     фумарат

                                                                            «Железное дыхание»

Рис.3. Процессы получения энергии путём окислительного фосфорилирования («аэробное дыхание» и «анаэробное дыхание»).

                                                  

Вспомогательные циклы и глюконеогенез.

Если во время роста клеток промежуточные продукты цикла трикарбоновых кислот используются в биосинтетических процессах, то эти потери компенсируются восполняющими (анаплеротическими) реакциями. Одна из функций таких реакций — реге­нерация оксалоацетата, который играет роль акцептора ацетил-СоА.

Важнейшими и наиболее рас­пространенными анаплеротическими реакциями, восполняющими расход промежуточных продуктов цикла трикарбоновых кислот у микроорганизмов, являются реакции карбоксилирования  Сз-кислот (пирувата, фосфоенолпирувата), ведущие к образованию оксалоацетата:

Пируват + СО2 + АТРà оксалоацетат + ADP + Pi

фосфоенолпирувата + СО2 + Н2Оà оксалоацетат + Pi

Когда субстратом при росте бактерий служит глюкоза, она может использоваться для синтеза всех клеточных компонентов, содержащих глюкозу, рибозу, дезоксирибозу и других производные сахаров. Анаплеротические реакции обеспечивают в таком случае прежде всего бесперебойную работу цикла трикарбоновых кислот. При росте па сре­дах с лактатом, пируватом, ацетатом, глиоксилатом и другими углеродными соединениями дополнительные метаболические пу­ти требуются не только для поддержания цикла трикарбоновых кислот, но и для образования промежуточных продуктов, используемых при биосинтезе сахаров (глюконеогенезе).

Синтез сахаров из лактата и пирувата проходит через те же промежуточные соединения, что и гликолиз. Рост микроорганизмов на среде с ацетатом или соединениями, расщепление которых ведет к об­разованию ацетата (жирные кислоты, углеводороды), оказыва­ется возможным благодаря функционированию глиоксилатного цикла. Эта анаплеротическая последовательность реакций заключается в превращении одного моля изоцитрата и одного мо­ля ацетил-СоА в два моля С4-дикарбоновых кислот (рис.2). Эти кислоты могут превращаться в пируват или в фосфоенолпируват, т.е. могут использоваться для глюконеогенеза. Оксалоацетат также может взаимно превращаться в пируват и в фосфоенолпирувата.

Когда источником углерода служит глиоксилат (или его предшественники – гликолат, мочевая кислота), индуцируются ферменты D-глицератного пути. Серия реакций этого пути приводит к образованию ацетил-СоА, который включается в ЦТК и окисляется. Поставку промежуточных продуктов в ЦТК. Обеспечивает реакция ещё одной молекулы глиоксилата с ацетил-СоА, в результате которой образуется малат.

В то время как ферменты, занятые на главных путях обмена, всегда присутствуют в клетках, растущих, например, на таких субстратах, как глюкоза, ферменты, участвующие во вспомога­тельных циклах, могут быть индуцибельными. При росте на сре­дах с глюкозой содержание таких ферментов в клетках очень не­велико. Этот мини­мальный уровень ферментативной активности называют основным уровнем. Лишь после переноса клеток в питательную среду, содержащую в качестве единственного источника энергии и углеро­да ацетат или глиоксилат, синтез соответствующих ферментов индуцируется. При полной индукции содержание индуцибельных ферментов в клетках может в 100 и более раз превышать основ­ной уровень. Если клеткам предоставляется одновременно два субстрата, то нередко они используют только один из них. Например, при росте бактерий на среде, содержащей глюкозу и аце­тат, сначала используется глюкоза. Ферменты, необходимые для использования ацетата, не образуются; их синтез не индуцируется до тех пор, пока в среде присутствует глюкоза.

Брожение.

Брожение-это такой метаболический процесс, при котором регенирируется АТР, а продукты расщепления органического субстрата могут служить одновременно и донорами и акцепторами водорода. Реакции приводящие к фосфорилированию ADP являются реакциями окисления. От окисленного углерода клетка избавляется, выделяя СО2. Отдельные этапы окисления представляют собой дигидрирование, при котором водород переносится на NAD. Акцепторами водорода, находящегосяся в составе NADH2, служат промежуточные продукты расщепления субстрата. При регенерации NAD последние восстанавливаются, а продукты восстановления выводятся из клетки.

В результате брожения образуются ( по отдельности или в смеси )такие продукты, как этанол, лактат, пропионат, формиат, бутират, сукцинат, капронат, ацетат, н-бутанол, бутан-2,3-диол, ацетон, пропан-2-ол, СО2, Н2. В зависимости от того, какие продукты преобладают или являются особенно характерными, различают: спиртовое, молочнокислое, пропионовокислое, муравьинокислое, маслянокислое и уксуснокислое брожения. Молекулярный кислород в процессах брожения не участвует. Многие микроорганизмы, осуществляющие брожение, - облигатные анаэробы, а некоторые – факультативные анаэробы, способные расти как в присутствии кислорода, так и без него; при этом кислород подавляет брожение и оно сменяется дыханием.

При сбраживании глюкозы микроорганизмами образуется от 1 до 4 молей АТР. У большинства микроорганизмов, осуществляющих брожение, для синтеза АТР используются только две реакции гликолиза:

1,3-Бисфосфоглицератà3-фосфоглицерат

фосфоенолпируватàпируват

Необходимые акцепторы образуются при этом из пирувата и ацетил-СоА. При сбраживании одного моля глюкозы образуется 2-3 моля АТР. Существуют бактерии, способные использовать для дополнительного синтеза АТР ацетилкиназную реакцию:

ацетилфосфатàацетат

Ацетилфосфат образуется из ацетил-СоА и неорганического фосфата. Данные бактерии способны осуществлять перенос восстановительных эквивалентов на протоны, которые затем выделяются в виде молекулярного водорода. Бактерии, способные таким образом избавляться от связанного с NAD водорода могут обходиться без превращений ацетил-СоА в акцепторы для NADH2. Поэтому они могут превращать ацетил-СоА в ацетилфосфат и регенерировать АТР путём ацетилкиназной реакции. Выделяют они главным образом ацетат и при сбраживании одного моля глюкозы способны регенирировать до четырёх молей АТР.

На приведённой схеме показаны основные типы брожений:

                                                                        глюкоза

                                                   

                                                                     АТР                     [ H ]                    

                                                      [ H ]                                                               [ H ]

                                   лактат                          пируват                  ацетальдегид            этанол

                  ацетоин                                                                     СО2

          [ H ]                      

                                       СО2                                                                         СО2

                бутан-2,3-диол

                                                                ацетил-СоА + пропионат

              [ H ]                                                 АТР        [ H ]                                   оксалоацетат

                      ацетоацетил-СоА                                           Н2        СО2                                       [ H ]

                                                               ацетат           этанол          

бутанол                                                                                                             АТР

                           [ H ]           СО2     [ H ]                                                                                          сукцинат

                                                                  пропан-2-ол

бутират           ацетон                                                                                                СО2

                                                                                                                                                            пропионат

Большинство природных соединений, состоя­щих из углерода, водорода, кислорода и (или) азота, поддается сбраживанию в анаэробных условиях. Предпосылкой для сбраживания является возможность частичного окисления субстрата в результате внутримолекулярного расщепления, сопровождающегося выделением энергии. Сбраживаются, например, полисахариды, гексозы, пентозы, тетрозы, многоатомные спирты, органические кислоты, аминокислоты (за исключением ароматических, лишь условно поддающихся сбраживанию), пурины, пиримидины.

Наряду с соединениями, которые сбраживаются в анаэробных условиях, есть вещества, неспособные сбраживаться. Это алифатические и ароматические углеводороды, стероиды, каротиноиды, терпены, порфирины. В аэробных условиях все эти вещества поддаются расщеплению и полностью окисляются, но в анаэробных условиях они стабильны. Стабильность их может быть обусловлена двумя причинами: 1) большинство названных соединений содержит только атомы углерода и водорода; при внутримолекулярном рас­щеплении таких соединений энергия не выделяется; 2) насыщен­ные углеводороды и полиизопреноиды могут окисляться только в присутствии молекулярного кислорода.

Использование неорганических доноров водорода.

Многие группы почвенных и водных бактерий могут использовать в ка­честве доноров водорода или электронов неорганические соединения или ионы (ионы аммония, нитрита, сульфида, тиосульфата, сульфита и двухвалентного железа), а также элементарную серу, молекулярный водород и СО2 т.е. способны получать в результате их окисления вос­становительные эквиваленты и энергию для синтетических процессов. Получение энергии происходит, как правило, в результате дыхания с О2, как конечным акцептором водорода. Электроны, освобождающиеся при окислении упомянутых неорганических субстратов, поступают в дыхательную цепь на уровне цитохрома с или цитохрома а. Поскольку фосфорилирование при этом может происходить лишь на одном этапе окисления, выигрыш в энергии соответствен­но невелик. Часть этой энергии затрачивается на то, чтобы «оттеснить» электроны, поступающие на участок цитохромов, по дыхательной цепи назад, на уровень пиридиннуклеотидов (восстановительные эквиваленты для синтезов), и восстановить последние. Лишь немногие из относящихся к этой группе бактерий способны расти за счет «анаэробного дыхания», используя в качестве акцепторов водорода нитрат, нитрит, закись азота и т. п. Такой образ жизни с использованием неорганического донора во­дорода называют хемолитотрофным. Большинство бактерий с таким типом метаболизма используют СО2 в качестве единственного или главного источника клеточного угле­рода. Они являются поэтому автотрофами (хемолитоавтотрофами). По­чти все аэробные хемолитоавтотрофные бактерии, до сих пор изученные в этом отношении, ассимилируют углерод СО2 через рибулозобисфосфатный цикл.

Превращение аммиака (аммония) в нитрат- нитрификация - осуществляется  двумя группами нитрифицирующих бактерий: одни окисляют аммиак, образуя нитрит, а другие окисляют нитрит в нитрат:

à à   

При окислении нитрита электроны переносятся на цитохром а1.

Различные соединения серы могут окисляться тиобациллами до сульфата:

à Sà

Электроны, высвобождающиеся при окислении сульфита до сульфата, поступают вдыхательную цепь. Некоторые тиобациллы способны использовать выделяющуюся при этом окислении энергию для фосфорилирования на уровне субстрата:

                      аденозинфосфосульфат                       

         АМР     2                                     Pi        ADP

Железобактерии окисляют двухвалентное железо до трёхвалентного:

По­чти во всех группах бактерий, синтезирующих АТР путем окислитель­ного фосфорилирования в анаэробных условиях («анаэробное дыха­ние»), есть формы, способные использовать молекулярный водород в качестве донора электронов. Существуют также аэробные бактерии, окисляющие водород с использованием кислорода в качестве конечного акцептора электронов.

Ряд бактерий способны использовать СО в качестве единственного источника электронов, окисляя его до СО2.

Фиксация СО2.

Большинство бактерий , способных расти в условиях, когда единственным источником углерода служит углекислота, фиксируют её через рибулозобифосфатный цикл. К таким бактериям относятся аэробные хемолитоавтотрофные, фототрофные и цианобактерии. Рибулозобифосфатный цикл – это восстановительный процесс, в котором СО2 восстанавливается до уровня углеводов. На первом этапе при участии рибулозобифосфат-карбоксилазы к рибулозо-1,5-бифосфату присоединяется СО2, и в результате образуются две молекулы 3-фосфоглицериновой кислоты. [ Этот же фермент в отсутствие СО2 и в присутствии О2 окисляет рибулозобифосфат до фосфогликолата и 3-фосфоглицерата. Эта реакция участвует в образовании гликолевой кислоты у автотрофных бактерий (в фотодыхании)].  Затем  3-фосфоглицерат восстанавливается до глицеральдегид-3-фосфата за счёт NAD(P)H2 и гидролиза АТР. На последнем этапе цикла глицеральдегид-3-фосфат и его изомер дигидроксиацетонфосфат участвуют в ряде реакций, приводящих к регенерации рибулозобифосфата, и цикл замыкается.

Часть триозофосфатов выводится из цикла и используются для синтеза гексозофосфатов и других сахаров. Ряд промежуточных продуктов также выводятся из цикла и используются для разнообразных синтезов.

Анаэробные автотрофные бактерии располагают двумя другими механизмами ассимиляции СО2. Метанобразующие, ацетогенные и сульфатредуцирующие бактерии, способные использовать в качестве доноров электронов Н2 или СО, восстанавливают СО2 по анаэробному ацетил-СоА пути до ацетил-СоА и пирувата. Зелёные серобактерии фиксируют СО2 исключительно с помощью реакций восстановительного цикла трикарбоновых кислот; СО2 фиксируется благодаря восстановительному карбоксилированию сукцинил-СоА.

Фотосинтез.

Фотосинтез – происходящее в клетках фототрофных организмов преобразование световой энергии в биохимически доступную энергию (АТР) и восстановительную силу [NAD(P)H2], а также связанный с этим синтез клеточных компонентов. Фотосинтетическое фосфорилирование и фотосинтетическое восстановление пиридиннуклеотидов – это процессы, ведущие к образованию первых стабильных продуктов фотосинтеза. АТР и NAD(P)H2 используются затем для фиксации СО2 и дальнейших процессов биосинтеза. Организмы, использующие воду в качестве донора электронов, осуществляют оксигенный фотосинтез, идущий с выделением кислорода. Организмы, использующие в качестве донора электронов другие вещества (с более высокой степенью восстановления – Н2S, H2, органические вещества), осуществляют  аноксигенный фотосинтез, идущий без выделения кислорода. Фотосинтез происходит в мембранах или на их поверхности, а фиксация СО2 – в цитоплазме.

Мембрана содержит в себе пигментные молекулы, переносчики электронов и ферменты. Подавляющее большинство молекул (бактерио)хлорофилла, а также дополнительные пигменты(каротиноиды, фикобилипротеины) образуют систему антенны, ответственную за поглощение света и распределение энергии. Незначительная часть молекул (бактерио)хлорофилла выполняет роль фотохимического реакционного центра, в котором протекает собственно фотохимическая окислительно-восстановительная реакция. Пигменты антенн улавливают свет и передают энергию первичному донору реакционного центра [комплекс (бактерио)хлорофилла с белками].   Под воздействием энергии света донор передаёт электрон первичному акцептору реакционного центра и сам окисляется (возникает «дырка»). Дырка затем заполняется электроном от какого-либо внешнего донора. От первичного акцептора электроны проходят через ряд переносчиков, в конце восстанавливая NADP. При оксигенном фотосинтезе работают две фотосистем, связанные между собой электрон транспортной цепью, важным звеном в которой является пластохинон, который подобно убихинону в дыхательной цепи находится в большом избытке и выполняет функцию депо электронов. Фотосинтетический перенос электронов показан на следующей схеме:

    Fe-S

-белок

                                цит.b                                                               Fd              NADP

X320      пласто-                  циклический

               хинон                 поток электронов

                             цит.f          

                                                пластоцианин                                   пигменты

пигменты                                                                                           антенн                         h

                  антенн                 h                            Хл.а.

Хл.а.         

                                2H2O

                                O2 + 4                                                

Две фотосистемы вместе со связывающей их электрон-транспортной цепью обеспечивают направленный поток электронов от воды (с внутренней стороны мембраны) к NADP(с внешней стороны). Перенос 1 электрона через обе фотосистемы сопровождается выведением 2 протонов во внешнюю среду  (с участием пластохинона). В результате мембрана аккумулирует энергию в форме протонного потенциала, и эта энергия используется для синтеза АТР с помощью АТРазы или для совершения какой-либо работы.

В аноксигенном фотосинтезе участвует только одна фотосистема: она поддерживает циклический транспорт электронов. В качестве доноров электронов могут использоваться  сероводород, сера, тиосульфат, органические соединения (малат, сукцинат и др.) и молекулярный водовод. Фотосинтетический перенос электронов приводит к созданию протонного градиента; для восстановления NADH2 требуется обратный транспорт электронов, протекающий с затратой энергии.

В плазматической мембране галобактерий выделяются тёмно-красные пятна, образованные так называемой пурпурной мембраной. Её цвет обусловлен наличием в ней бактериородопсина. Благодаря этому пигменту на свету создаётся протонный градиент между наружной и внутренней сторонами мембраны, т.е. энергия света превращается в одну из конвертируемых форм энергии.

Разложение природных веществ.

В аэробных условиях все вещества биологического происхождения подвергаются распаду. Каким бы сложным ни было то или иное вещество, в природе всегда найдётся микроорганизм, способный полностью или частично его расщепить, а продукты этого расщепления будут использованы другими микроорганизмами. Для большинства микроорганизмов основными питательными веществами служат углеводы. Главными составными частями растительного материала являются полисахариды: целлюлоза, крахмал, гемицеллюлозы, пектины, агар, лигнин. Все эти вещества представляют собой макромолекулы. Для их расщепления микроорганизмы выделяют в среду экзоферменты, расщепляющие полимеры до мономеров и низших олигомеров (моно-, ди-, олигосахаров) которые поступают в клетку, где подвергаются дальнейшим превращениям. Аналогично расщепляется хитин животных и грибов. Широко распространены бактерии разлагающие углеводороды; причём, чем длиннее цепь углеводородов, тем активнее они разлагаются. Белки сначала расщепляются внеклеточными протеазами до пептидов, способных проникнуть в клетку, и частично до аминокислот. Пептиды поступают в клетку и гидролизуются внутриклеточными протеазами до аминокислот. Последние либо используются клеткой как таковые для синтеза белка либо подвергаются ряду превращений: декарбоксилированию до биогенных аминов, дезаминированию до оксокислот, трансаминированию с переносом аминогруппы на оксокислоту. Образовавшиеся продукты вовлекаются в промежуточный обмен.

 

Биосинтетические процессы.

Биосинтез аминокислот. Большинство микроорганизмов способны синтезировать все двадцать аминокислот, из которых строятся белки. Углеродные скелеты аминокислот образуются из промежуточных продуктов обмена. Аминогруппы вводятся в результате прямого аминирования или переаминирования. Перевод неорганического азота в органические соединения происходит всегда через аммиак. Нитраты, нитриты и молекулярный азот предварительно восста­навливаются в аммиак (ассимиляционная нитратредукция) и толь­ко после этого включаются в состав органических соединений.

Лишь немногие из аминокислот образуются в результате пря­мого аминирования свободными ионами   Таким образом обычно аминируется  . Исходным материалом для синтеза аминокислот служат промежуточные продукты обмена (пируват, - кетоглутарат, оксалоацетат или фумарат, эритрозо-4-фосфат, рнбозо-5-фосфат и АТФ). В большинстве случаев аминогруппа вводится только на последнем этапе синтеза. Некоторые аминокислоты образуются в результате ряда превращений дру­гих аминокислот, и в этих случаях переаминирования не требует­ся.

Биосинтез нуклеотидов. Пуриновые и пиримидиновые нуклеотиды являются мономерами нуклеиновых кислот, входят в состав многих коферментов и участвуют в активации и переносе аминокислот, сахаров, липидов и компонентов клеточной стенки. Синтез всех пуриновых нуклеотидов идёт общим путём, разветвляющимся только на стадии инозиновой кислоты, после чего образуется либо адениловая, либо гуаниловая кислота. Общим является и путь синтеза пиримидиновых нуклеотидов; здесь разделение происходит на уровне уридиловой кислоты.

Исходным соединением для образования пентозного компонента нуклеотидов служит рибозо-5-фосфат. Он может образовываться дву­мя путями: 1)окислительным — из глюкозо-6-фосфата через окислительный пентозофосфатный путь и 2)неокислительным — из фруктозо-6- фосфата и глицеральдегид-3-фосфата через реакции, катализируемые трансальдолазой и транскетолазой. Рибозо-5-фосфат используется для синтеза нуклеотидов в высокоэнергетической форме — в виде фосфорибозилпирофосфата. Восстанов­ление рибозы до дезоксирибозы происходит на стадии рибонуклеотида и осуществляется посредством различных реакций.

Биосинтез липидов. Липиды являются важными компонентами цитоплазматических мембран и кле­точных стенок; служат запасными веществами. В бактериальных жирах преобладают длинноцепочечные  на­сыщенные жирные кислоты и ненасыщенные жирные кислоты, со­держащие одну двойную связь; ненасыщенные жирные кислоты с несколькими двойными связями и стероиды, видимо, отсутству­ют; редки также триглицериды. Большое значение имеют слож­ные фосфолипиды. Биосинтез жирных кислот с длинной цепью протекает путем конденсации и восстановления ацетатных групп. Для повышения реакционной способности метильная группа ацетилкофермента А сначала карбоксилируется с образова­нием малонил-СоА:

СНз-СО ~ SСоА + СО2 + АТР + Н2О à НООС-СН2-СО ~ SСоА + АDP + Pi

В последующих реакциях конденсации карбоксильная группа сно­ва отщепляется в виде СО2. Синтез жирных кислот происходит при участии мультиферментного комплекса согласно уравнению

ацетил-СоА + 7малонил-СоА + 14 NADPH2 à пальмитил-СоА + 14NADP + 7СО2 + 7СоА + 7Н2О

Литература.

  1. Шлегель Г. Общая микробиология. М.: Мир, 1987, 576 с.
  1. Гусев М.В., Минеева Л.А. Микробиология. М.: Изд-во МГУ, 1992, 448 с.