Цель выездной налоговой проверки практически такая же, как и камеральной: осуществление контроля за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью внесения в бюджет налогов и сборов, за соблюдением законодательства о налогах и сборах, взыскание недоимок по налогам и пени, привлечение виновных лиц к ответственности за совершение налоговых правонарушений, предупреждение таких правонарушений. Однако они достигаются другими, специфическими именно для выездных проверок средствами. Например, выемка документов и предметов в рамках налогового контроля может быть осуществлена только при проведении выездной проверки.
Цель внезапной проверки - установить факт совершения правонарушения, который может быть сокрыт при проведении обычных проверок. Внезапные проверки проводятся не часто. В то же время многие неналоговые проверки, допустим, проверки применения ККМ, в большинстве случаев проводятся как внезапные.
HК РФ предусматривает также возможность проведения контрольных и повторных проверок.
Цель контрольной проверки - установить факт некачественного проведения ранее проведенной проверки должностными лицами налоговых органов. До 1 января 1999 года контрольные проверки проводились другими сотрудниками того же налогового органа либо сотрудниками вышестоящего налогового органа, или же органами налоговой полиции. С 1 января 1999 года контрольные проверки могут проводиться только вышестоящим налоговым органом в порядке контроля за деятельностью нижестоящего органа. Результаты их проведения отражаются как на налогоплательщике, так и на проверяемых работниках налоговых органов. Так, если будут установлены факты нарушения законодательства проверяемым налогоплательщиком, к нему будут применены соответствующие санкции. Если же нарушения были допущены должностными лицами налоговых органов, то такие лица должны быть привлечены к дисциплинарной (уголовной) ответственности.