Доходы внебюджетных фондов включают:

- специальные целевые налоги и сборы, установленные для соответствующего фонда;
- отчисления от прибыли предприятий, учреждений, организаций;
- средства бюджета;
- прибыль от коммерческой деятельности, осуществляемой фондом, как юридическим лицом;
- займы, полученные фондом у ЦБ РФ или коммерческих банков.
- другие доходы, предусмотренные соответствующими законодательными актами.

Кроме того, материальным источником внебюджетных фондов, как и других звеньев финансовой системы, является национальный доход. Преобладающая часть фондов создается в процессе перераспределения национального дохода.

Главными методами мобилизации национального дохода в процессе перераспределения при формировании фондов выступают специальные налоги и сборы, средства из бюджета и займы. Основной метод- это специальные налоги и сборы, установленные законодательной властью.

Значительное количество фондов формируется за счет средств центрального и местных бюджетов.

Средства бюджетов поступают в форме безвозмездных субсидий или определенных отчислений от налоговых доходов. Доходами внебюджетных фондов могут выступать и заемные средства.

В тех случаях, когда внебюджетные фонды имеют положительное сальдо, оно может быть использовано для приобретения ценных бумаг и получения прибыли в форме дивидендов или процентов.

По Указу Президента РФ от 22 декабря 1993 года все внебюджетные фонды (за небольшим исключением), доходы которых формировались за счет обязательных платежей предприятий, учреждений, организаций, объединяются с республиканским бюджетом РФ. Однако сохраняется целевая направленность консолидируемых фондов.