Субвенции из фонда распределяются между субъектами РФ в соответствии с методикой, утвержденной Правительством РФ. Общий объем средств фонда утверждается федеральным законом о бюджете на очередной финансовый год. При этом субвенции из фонда компенсаций в соответствии с законом зачисляются в бюджет субъекта РФ или муниципального образования.
Субвенции из федерального фонда компенсаций распределяются между всеми субъектами РФ по единой методике пропорционально численности населения (отдельных групп населения), потребителей бюджетных услуг и лиц, имеющих право на получение трансфертов населению.
Расходование субвенций, предоставленных субъектам РФ и муниципальным образованиям, осуществляется через счета исполнительных органов государственной власти субъектов РФ и/или местных администраций, которые контролируются органами федерального казначейства РФ.