Функциональная структура основана на принципе специализации организационных под структур по функциональным признакам (производство профилактических и ремонтных работ, НИОКР, маркетинг, снабжение и др., т.е. однородных видов деятельности). Каждая специализированная функциональная под структура подчиняется соответственно лицу Высшего руководства, ответственному за это направление деятельности. Каждому вышестоящему руководителю делегируются полномочия в границах выполняемой функции. Выполнение отдельных функций по конкретным вопросам возлагается на специалистов. Специалисты одного профиля объединяются в структурные подразделения системы управления и принимают решения, которые обязательны для производственных подразделений. Таким образом, наряду с линейной действует и функциональная организация. Исполнители находятся в двойном подчинении. Так, рабочий обязан выполнять одновременно указания своего линейной начальника и функционального специалиста.
Таким образом, функциональная организационная структура управления состоит из нескольких специализированных линейных структур подчиненных первому лицу компании. При этом выполнение указаний функциональных органов (отделов планирования, учета, обслуживания производства и т. д.) в пределах их компетенции обязательно для линейных подразделений.
При функциональной структуре управления линейный руководитель имеет возможность больше заниматься вопросами оперативного управления, так как функциональные специалисты высвобождают его от решения специальных вопросов. Но команды управления поступают от многих функциональных служб в одно производственное подразделение или к одному исполнителю, и поэтому возникает проблема взаимного согласования этих команд, что создает определенные трудности. Кроме того, снижается ответственность исполнителей за выполнение своих обязанностей, поскольку ответственность за эксплуатацию объекта фактически возлагается на многих исполнителей.
Поэтому область применения функциональной структуры управления ограничена малыми и средними службами эксплуатации предприятия с большим количеством специализированных работ.