Любая теория имеет свой объект и предмет исследования, и систему методов исследования. Объект теории организации (то на что направлена познавательная деятельность исследователя) - организационный опыт окружающей нас действительности: она охватывает материал всех наук и всей жизненной практики, из которой они возникли, изучая и обобщая методы, способы организации природы и человеческой деятельности, устанавливает закономерности и тенденции их развития.
Предмет теории организации (исследуемые с определенной целью стороны, свойства, отношения объекта) – организационные отношения, т.е. связи и взаимодействия между различного рода целостными образованиями и их структурными составляющими, а также процессы и действия организующей и дезорганизующей направленности.
Инструментом теоретического исследования предмета является научный метод (буквально - путь к чему-либо) – упорядоченная деятельность по достижению определенной цели: научный метод – совокупность мыслительных или физических операций, осуществляемых в ходе исследования. Метод теории организации есть набор теоретико-познавательных и логических принципов и категорий, а также научного (формально-логического, математического, статистического, собственно-организационного) инструментария для исследования системы организационных отношений.
Задача теории организации состоит в осмысливании организационного опыта, состоящего из множества факторов: значит, одним из инструментов его познания является индукция – движение мысли от единичного к всеобщему, от знания меньшей степени общности к знанию большей степени общности. В отличие от специальных наук, где обобщающие описания конкретны, в теории организации они должны носить более отвлеченный характер – нужно найти такую формулировку, которая подходила для всего множества разнородных элементов. Для этого используются абстрактно-аналитический метод, позволяющий вычленить из общей массы явлений современного динамичного мира универсальные законы организации, носящие все природный характер, с последующим использованием синтеза: дедукция движения от всеобщего к единичному создает условия для новых теоретических обобщений и практических выводов. Абстрагирование – это мысленное выделение существенных свойств и связей предмета, отвлечение от частностей, что позволяет выделить основу изучаемых явлений. Чтобы глубоко изучить явление надо его анализировать, т.е. мысленно расчленить на составные части и оперировать с упрощенными объектами с целью их изучения.
Теория организации базируется на определенных базовых знаниях других наук и создает в свою очередь познавательную и методическую базу для них.