Непосредственно при проведении в жизнь инновационного процесса применяют общие и специфические методы инновационного менеджмента.

К общим методам относятся:

• методы анализа: графический, сравнения, балансовый;
• метод планирования;
• методы прогнозирования: нормативный, экспертный, параметрический;
• методы стратегического и метрического маркетинга: моделирование, сегментация, оценка и анализ, исследование.

К специфическим методам относятся:

1. системный анализ – анализ возможности достижения цели с учетом внутренних и внешних обстоятельств, рассмотрение внешней и внутренней сред, разделение системы в соответствии с системным подходом на подсистемы: управляющую, управляемую, обеспечивающую, обслуживающую, единство всех подразделений, принятие во внимание прямых и обратных связей;
2. факторный анализ – анализируется развитие науки и техники в экономике, потенциал фирмы, прирост научно-технического потенциала инновации;
3. ситуационный анализ – анализ годности определенных методов управления к данной ситуации, анализ непредвиденных ситуаций, профессиональная подготовка персонала.
4. функционально-стоимостной анализ – совокупность функций управления: планирование, организация, контроль, мотивация; разделение труда в управлении инновациями; оптимизация решений, координирующих и контролирующих функций.

К методам и инструментам инновационного менеджмента относят:

1. статистические (факторные) модели, разработанные на основании корреляционных и регрессивных зависимостей инноваций;
2. нормативные методы планирования инновационной деятельности;
3. регламентирование процедур управления – в них входят положения об отраслях и службах, должностные инструкции;
4. экономико-математическое моделирование процессов, связанных с принятием решения в каждой из функций управления в отдельности;
5. оптимизационные модели формирования организационной структуры и тематических планов;
6. календарное планирование работ, сетевые методы;
7. приспособление параметров системы к условиям внешней среды;
8. произведение оценки качества «входа, выхода, процесса» в системе;
9. экономико-математическое моделирование, вероятностные модели;
10. проектным менеджмент;
11. выработка сценариев развития;
12. рассмотрение внешних и внутренних обстоятельств успеха инноваций;
13. творческое применение инновационных менеджеров, всех доступных инструментов в связи с ситуацией;
14. методы управления конфликтами;
15. методы креативного менеджмента.