К основным недостаткам матрицы БКГ могут быть отнесены:

• она основана на анализе и констатации достигнутого и не может без дополнительных исследований дать аналогичную картину для будущего, учесть влияние изменений во внешней и внутренней среде предприятия;
• в большей мере ориентирована на предприятия – лидеров или стремящихся к лидерству;
• при многономенклатурном производстве теряет такое свое преимущество как наглядность или требует раздельного рассмотрения отдельных товарных групп;
• не дает ответа о стратегическом потенциале, возможностях предприятия и эффективности использования его ресурсов. Такое важнейшее направление стратегического анализа как анализ ресурсов предприятия остается за рамками матрицы;
• не дает ответа на вопросы, что будет с «трудными детьми»: вырастут из них лидеры или неудачники, как долго будут гореть «звезды» и давать высокие удои «коровы»;
• при подготовке матрицы могут возникнуть сложности с поиском соответствующей информации по продукции конкурентов, например, ее себестоимости, которая не включается в статистическую отчетность, а также в балансы и в годовые отчеты предприятий, с которыми можно ознакомиться в регистре предприятий. Для успешного применения матрица требует хорошего знания конкурентов, рынка, достаточно точного позиционирования на нем продукции предприятия, но не дает пригодных для этого инструментов анализа;
• матрица сосредоточена на финансовых потоках и продуктовых стратегиях предприятия, в то время как для него не менее важными являются стратегии и в других областях деятельности: в производстве, технологиях, кадрах, управлении, инвестициях и т. д.;
• не учитывает характера рынка, числа конкурентов и других рыночных факторов, что без дополнительного анализа может привести к принятию неверных или менее выгодных стратегий действий.