В отношении электронных накладных действуют все те же правила представления в налоговую, какие действуют в отношении других электронных документов.

В апреле 2011 года Федеральная налоговая служба утвердила документ, описывающий процедуру истребования и последующего представления электронных документов для проверки в налоговый орган (Приказом ФНС РФ от 17.02.2011 № ММВ-7-2/168@ был утвержден порядок представления документов по телекоммуникационным каналам связи). До этого момента счет фактуры можно было представить в налоговую только в бумажном виде. Сейчас же у налогоплательщиков есть альтернатива.