Впервые принципы налогообложения были сформулированы в XVIII в. великим шотландским исследователем экономики и естественного права Адамом Смитом (1725—1793) в его знаменитом труде «Исследование о природе и причинах богатства народов» (1776 г.).

Он выделил пять принципов, названных впоследствии «Декларацией прав плательщика»:

Налоги не должны быть чрезмерно обременительны.

Они должны быть понятны налогоплательщикам.

Каждый налогоплательщик должен знать, какую сумму и в какой срок он должен оплатить и почему.

Налоги должны быть справедливыми, и при сходных обстоятельствах разные налогоплательщики должны платить примерно одинаковые налоги.

Государство должно уметь собирать налоги, не расходуя на это слишком большие средства.

Сегодня эти постулаты называют классическими принципами налогообложения. Реализация этих принципов и в настоящее время остается приоритетной задачей налогового законодательства.

Принципы построения эффективной налоговой системы достаточно обоснованы в налоговой теории и включают в себя следующие:

- Экономическая эффективность - налоговая система не должна мешать развитию предпринимательства и эффективному использованию ресурсов (материальных, трудовых и финансовых).
- Определенность налогообложения - налоговая система должна быть построена таким образом, чтобы налоговые последствия принятия экономических решений предпринимателем (и юридическим, и физическим лицом) были определены заранее и не изменялись в течение длительного периода времени. Таким образом, этот принцип практически смыкается с принципом стабильности налоговой системы.
- Справедливость налогообложения - этот принцип является основным при построении налоговой системы и предполагает справедливый подход к различным налогоплательщикам, а также приоритет интересов налогоплательщика в отношениях между ним и налоговой администрацией.
- Простота налогообложения и низкий уровень издержек по взиманию налогов - налоговое законодательство должно содержать простые формулировки, понятные большинству налогоплательщиков, а процедура взимания налогов должна быть относительно дешевой.

Система налогообложения Российской Федерации базируется на следующих принципах (часть 1 НК РФ, статья 3):

1) принцип всеобщности налогообложения и принцип равенства прав налогоплательщиков – каждое лицо должно уплачивать законно установленные налоги и сборы;
2) принцип недискриминации (нейтральности) налогообложения в отношении форм экономической деятельности – налоги и сборы не могут иметь дискриминационный характер и применяться исходя из социальных, расовых, национальных, религиозных и иных подобных критериев;
3) принцип недопустимости создания препятствий реализации гражданами своих конституционных прав – недопустимы налоги и сборы, препятствующие реализации гражданами своих конституционных прав; налоги и сборы должны иметь экономическое основание и не могут быть произвольными;
4) принцип единства экономического пространства – не допускается устанавливать налоги и сборы, нарушающие единое экономическое пространство РФ и, в частности, прямо или косвенно ограничивающие свободное перемещение в пределах территории РФ товаров (работ, услуг) или финансовых средств, либо иначе ограничивать или создавать препятствия для не запрещённой законом экономической деятельности физических лиц и организаций;
5) принцип определённости правил налогообложения – при установлении налогов должны быть определены все элементы налогообложения; акты законодательства о налогах и сборах должны быть сформулированы таким образом, чтобы каждый точно знал, какие налоги (сборы), когда и в каком порядке он должен уплачивать; ни на кого не может быть возложена обязанность уплачивать налоги и сборы, а также иные взносы и платежи, обладающие установленными НК РФ признаками налогов или сборов, не предусмотренные НК РФ либо установленные в ином порядке, чем это определено НК РФ.
6) принцип истолкования всех неясностей в налоговом законодательстве в пользу налогоплательщика – все неустранимые сомнения, противоречия и неясности актов законодательства о налогах и сборах толкуются в пользу плательщика налога или сбора.
В экономической литературе встречается и ряд других организационных принципов налогообложения, которые носят объективный характер.

К ним можно отнести:

1) принцип подвижности (эластичности) – суть его заключается в том, что налоговая нагрузка может быть оперативно изменена в соответствии с объективными потребностями государства;
2) принцип стабильности – этот принцип предполагает постоянство налоговой системы, что важно для субъектов налоговых отношений (для государства при формировании доходной части бюджета, а для плательщиков – при планировании своих доходов, в том числе налоговом планировании);
3) принцип исчерпывающего перечня региональных и местных налогов – суть его заключается в исключении возможности установления и введения дополнительных налогов субъектами РФ и органами местного самоуправления.

В мировой практике имеет место использование и ряда других принципов налогообложения, к которым можно отнести принцип доступности и открытости информации по налогообложению; принцип презумпции невиновности; принцип стабильности налогового законодательства; принцип создания максимального удобства для налогоплательщиков; принцип обложения чистых доходов налогоплательщика и др.