Основные проблемы:

- замедление темпов экономического развития страны и снижение устойчивости бюджетной системы государства, высокий уровень коррупции, ослабляющие национальную, в том числе экономическую, безопасность страны, обусловливают необходимость определения границ финансового контроля, государственного финансового контроля, места в нем муниципального финансового контроля, усиления контроля за использованием государственных ресурсов, реализацией планов противодействия коррупции, антикризисных мероприятий, инновационного развития экономики и социальной защиты населения;
- стратегическое прогнозирование и планирование социально-экономического развития страны и принятие долгосрочных государственных программ требуют совершенствования стратегического аудита, нацеленного на предварительный контроль обоснованности прогнозов, возможности их реализации и оценки значимости конечных результатов;
- принимаемые государством меры по обеспечению полноты поступления доходов в бюджеты и повышению эффективности бюджетных расходов требуют создания единой системы государственного финансового контроля, повышения его эффективности и совершенствования взаимодействия внешнего и внутреннего финансового контроля;
- расширение самостоятельности государственных учреждений и появление наряду с автономными казенных и бюджетных учреждений с расширенными правами обусловливает потребность в уточнении границ государственного финансового контроля в целях обеспечения выполнения государственных заданий;
- усложнение задач государственного финансового контроля и повышение требований к его эффективности требуют развития теории финансового контроля, подготовки специалистов финансового контроля и повышения их квалификации на систематической основе.