Инновационный менеджмент как наука о стратегическом планировании нововведений являлся составной частью стратегического менеджмента и существует, самостоятельно начиная с середины XX века. Основы инновационного менеджмента закладывались одновременно в разных странах, но наиболее широкое распространение его принципы получили в последней четверти XX века в странах с развивающейся экономикой. На ранней стадии развития практика определяла сущность инновационного менеджмента. Например, в 30-е гг. XX века в США возникла проблема полной оценки эффективности инвестиций при реализации инновационных проектов в области водохозяйственного строительства. В тот период использование инновационного менеджмента было связано с распространением законов квазирынка на те сферы, где не могли быть применены инструменты конкурентного рынка. С начала 50-х гг. XX века инновационный менеджмент служил целям оценки как социально значимых, так и чисто коммерческих проектов.

Распространение использования принципов и инструментария инновационного менеджмента было вызвано ростом общественного сектора и расширением экономической роли государства. Возможность привлечения финансовых ресурсов для новых инвестиций, осуществляемых крупными финансовыми институтами в поддержку правительственных программ, стала зависеть от того, насколько с точки зрения общества жизнеспособным окажется проект, оценка эффективности которого проводилась с использованием подходов инновационного менеджмента. инновационный менеджмент стал средством контроля над инвестициями в общественный сектор, предприятия которого должны были продемонстрировать способность обеспечить хотя бы минимальную отдачу для экономики.

Выделяются следующие этапы эволюции стратегического управления промышленными инновациями:

1. Этап текущего финансового планирования развития (период 1900-1950-х г.г.), когда управление инновациями осуществлялось на основе контроля за исполнением смет расходов (управление издержками). Реакция предприятий на инновации определялась после их реализации. Соответствующие механизмы управления научно-исследовательскими и опытно-конструкторскими работами (НИОКР) принято относить к первому поколению. На этом этапе непосредственно сами ученые осуществляли управление научно-исследовательской работой, отбор и выполнение исследовательских проектов.
2. Этап долгосрочного планирования развития (период 1950-1970-х г.г.), когда прогнозы возможностей и соответствующее развитие воспроизводственного процесса оценивались исходя из существующих тенденций. Горизонт прогнозирования принимался равным 10-15 годам, причем на этот период предполагалась стабильная система целей и располагаемых ресурсов. Механизмы управления НИОКР в этот период относятся ко второму поколению и предусматривали корпоративный менеджмент, то есть непосредственно в структуре корпораций создавались отделы НИОКР.
3. Этап стратегического планирования развития (период 1970-1980-х г.г.), когда происходила постепенная переоценка характеристик долгосрочных тенденций развития для прогнозирования будущих возможностей. Горизонт прогнозирования также принимался равным 10-15 годам, однако допускалась возможность коррекции системы целей и объема располагаемых ресурсов. Возрастающая динамика инновационных изменений привела к возникновению адекватных методов разработки инновационных проектов, например, программно-целевых методов с итеративной последовательностью фаз процесса стратегического управления (по цепочке «прогнозы-цели-концепции-программы») с последующей их увязкой с системой планирования и управления. На этом этапе механизмы управления НИОКР относятся к третьему поколению и включают в себя формирование сбалансированного портфеля новшеств и распределение прибыли и риска между выпускаемой продукцией и перспективными инновациями.

4. Этап стратегического управления развитием (период с 1980 г. по настоящее время), при котором прогноз возможностей и развитие воспроизводственного процесса предприятия должны предусматривать закономерное возникновение дискретности развития (прерывности условий инновационных процессов, инновационных скачков). Концепция развития становится комплексной, учитывающей ограничения по ресурсному обеспечению и фазе сбыта, а также ограничения, накладываемые взаимосвязью внутренних и внешних факторов инновационного развития.

Обязательным условием применяемых методов социально-экономического планирования становится наличие адаптивных рычагов регулирования программ, то есть при длительной временном горизонте (до 10 лет) стратегического планирования выбираются скользящие интервалы тактического планирования. На этом этапе механизмы управления НИОКР относятся к четвертому поколению и предусматривают организацию совместного участия в разработке новой продукции как ученых и производителей, так и покупателей, поставщиков и других заинтересованных лиц уже на стадии возникновения идей новшества. Такой подход позволяет учесть скрытые потребности всех участников рынка и создавать новшества, на которые гарантированно имеется спрос.