Первое. Налоговый кодекс РФ установил закрытый перечень налогов и сборов, который может быть изменен или дополнен только законом, принятым Федеральным Собранием. До этого, в силу Указа Президента РФ № 2268 от 22.12.1993 г., законодательные (представительные) органы власти субъектов Федерации (включая и органы местного самоуправления) имели право вводить на своей территории практически любые налоги, сверх включенных в установленный перечень. Ранее органам национально-государственных и территориально-административных образований предоставлялось также право вводить дополнительные льготы по федеральным налогам (в пределах сумм, зачисляемых в их бюджеты); с 1 января 1999 г. эта норма утратила свою силу.
Второе. В главах, определяющих конкретные режимы налогообложения, представлены как отдельные самостоятельные налоги, так и группы налогов одинакового или близкого типа (например, акцизы (в главе «Акцизы», пошлины (в главе «Государственная пошлина»), налоги на отдельные виды доходов (в главе «Налог на доходы физических лиц»), и т.д.). При этом для целей классификации налогов применен административно-территориальный принцип (налога на уровне федерации, регионов и местных органов власти) – вместо экономического или фискально-правового.
Третье. С принятием Налогового кодекса приказы, инструкции и методические указания, издаваемые налоговыми органами, не относятся к актам законодательства о налогах и сборах, и для налогоплательщиком имеют не более, чем рекомендательную силу. Кроме того, с вхождением Федеральной налоговой службы в систему Министерства финансов РФ и функции по разъяснению законодательных актов по налогообложению также переданы финансовым органам.
Четвертое. Таможенные пошлины в РФ выведены из категории «налогов», их сбор (как и иных таможенных платежей) регулируется особым таможенным законодательством (Таможенный кодекс, закон о таможенном тарифе). Соответственно, и таможенные органы утратили статус налоговых органов (хотя в их функции по-прежнему вменяется взимание, кроме таможенных пошлин, также и таких налогов (при импорте товаров и услуг), как НДС и акцизы).
Пятое. Согласно новому Налоговому кодексу РФ у налоговых органов изъята функция сбора налогов (оставлена только функция контроля за уплатой налогов), налоговые платежи должны поступать непосредственно на бюджетные счета казначейства (или местных органов власти), хотя последние, и не наделены правами налоговых органов.