Субвенции из Федерального фонда компенсаций распределяются между субъектами РФ в соответствии с методикой, утверждаемой Правительством РФ.
Общий объем Федерального фонда компенсаций утверждается при рассмотрении в третьем чтении закона о федеральном бюджете.
Субвенции зачисляются в бюджет субъекта РФ и расходуются согласно принятым нормативно-правовым актам Правительства РФ. А субвенции, предоставляемые на исполнение отдельных расходных обязательств муниципальных образований, расходуются в соответствии с нормативными правовыми актами Правительства РФ, нормативными правовыми актами субъектов РФ. Субвенции муниципальным образованиям транспортируются через специально созданный в составе субъекта региональный фонд компенсаций.
Субвенции из Федерального фонда компенсаций распределяются между всеми субъектами РФ пропорционально численности населения, потребителей бюджетных услуг, лиц, имеющих право на получение трансфертов населению, другим показателям с учетом объективных условий, влияющих на стоимость предоставления бюджетных услуг.
Министерство финансов РФ до 1 августа текущего финансового года направляет исполнительным органам государственной власти субъектов РФ методику распределения субвенций из Федерального фонда компенсаций. До 1 октября текущего финансового года проводится сверка данных (совместно с исполнительными органами государственной власти субъектов). После этого числа внесение изменений в исходные данные для проведения расчетов распределения субвенций из Федерального фонда компенсаций на очередной финансовый год не допускается.